A cDT, is a short sequence element of 6 bp or greater that is a perfect match to sequences within CSBs that are present in two or more enhancers. A cDT-library represents a collection of cDTs that are shared by the various enhancers examined. Two types of cDT-libraries have been generated in this study. First, a 'tissue-specific library' contains cDTs that are shared by a group of enhancers that regulate similar expression patterns but are absent from a second set of enhancers that direct expression in tissues outside of the first group. Second, a 'common cDT-library' contains cDTs that were shared between sets of enhancers of divergently regulated genes. A subset of common libraries included 'enriched' libraries that had a 3 fold greater representation from one enhancer type (e.g. neural) than from a second type (e.g. mesodermal).

All libraries were generated from readouts of the CSB-aligner. Making enhancer-type specific libraries requires two different CSB-libraries generated from functionally different enhancers, a library from the tissue of interest (e.g. neural), and a second library that serves as an 'out-group' (e.g. mesodermal). For the generation of a neural cDT-library, neural CSBs in both forward and reverse directions were copy/pasted into both upper and lower windows of CSB-aligner. The resulting cDTs from this alignment are listed in the 'Result of CSB alignment table' of the CSB-aligner output, in the column titled 'Motif.' Since this cDT list contains multiple copies of different cDTs, the extra copies are removed using the Java applet Puzzamatic 1.0, a freeware created by Ron Surratt. The cDT list that contains all unique cDTs is then Alphabetized and sorted by size also using Puzzamatic 1.0. The cDTs, constituting a raw neural cDT-library, were then copy/pasted into a Microsoft Word document. A second CSB-alignment is then performed with the neural CSBs in the top window of CSB-aligner, and mesodermal CSBs in the lower window. The cDTs from this alignment were freed of extra copies as above. These cDTs constituted an unedited common neural/mesodermal cDT-library. The unedited neural and common cDT-libraries are combined and cDTs common to the two libraries (present in the first and second alignments) are both removed using the JavaScript program cDT-cleaner, thus leaving only the neural-specific sequences. Neural enriched and common cDTs were curated from the unedited shared cDT-library.

Frequency of sequence matches for each cDT was assessed using cDT-cataloger). For example the cDT AACTAG is annotated vn1;dn2;ds3-AACTAG to indicate that there were one hit on a vertebrate neural CSB library, 2 hits on a Drosophila neural CSB library and 3 hits on Drosophila segmental CSBs. Presence of a full list of cDTs and their reverse-complement is assured using the cDT-cataloger program, especially the answer table that is generated, 'Results of cDT cataloger', which allows sorting of lists and generation of reverse-complements of cDTs.

Combined Drosophila/mammalian neural cDT-library (Last updated 9/6/06)

Drosophila/mammalian neural cDT-library [cDTs align with vertebrate neural CSBs (vn), Drosophila neural CSBs (dn), and Drosophila segmental CSBs (ds). None of the cDTs listed here align with Drosophila or vertebrate mesodermal CSBs]

vn1;dn2;ds3-AACTAG
vn2;dn0;ds0-AAGACC
vn1;dn5;ds0-AAGCGC
vn3;dn1;ds2-AAGGCT
vn1;dn6;ds5-AAGGGT
vn3;dn0;ds3-AATAGA
vn1;dn1;ds2-AATCCC
vn3;dn2;ds2-AATCTC
vn1;dn4;ds0-ACAAGA
vn3;dn1;ds0-ACATAG
vn2;dn6;ds1-ACCACC
vn0;dn6;ds0-ACCCCA
vn1;dn6;ds5-ACCCTT
vn2;dn0;ds0-ACCTCG
vn0;dn3;ds0-ACGGCA
vn3;dn2;ds1-ACTCAC
vn2;dn0;ds1-ACTGGG
vn1;dn4;ds0-ACTGTC
vn4;dn1;ds1-ACTTGG
vn0;dn2;ds0-AGAACC
vn2;dn0;ds0-AGACCA
vn2;dn0;ds0-AGACTC
vn1;dn1;ds0-AGAGAT
vn2;dn2;ds0-AGATCT
vn2;dn6;ds2-AGCACG
vn1;dn1;ds2-AGCAGG
vn3;dn1;ds0-AGCCCC
vn2;dn0;ds0-AGCCTA
vn3;dn1;ds2-AGCCTT
vn3;dn5;ds2-AGCGTG
vn6;dn1;ds0-AGGAGA
vn1;dn2;ds0-AGGCGA
vn2;dn1;ds1-AGGCTG
vn2;dn1;ds0-AGTATC
vn2;dn0;ds0-AGTCTC
vn2;dn1;ds0-AGTGCC
vn3;dn0;ds1-AGTGTA
vn2;dn1;ds1-ATAGAG
vn2;dn2;ds1-ATAGGA
vn4;dn1;ds1-ATCCTC
vn2;dn1;ds0-ATCTCA
vn1;dn1;ds0-ATCTCT
vn2;dn5;ds7-ATGATC
vn2;dn4;ds2-ATTCCA
vn1;dn2;ds5-CAAACG
vn1;dn1;ds1-CAACCG
vn1;dn1;ds0-CAAGCG
vn1;dn2;ds1-CAAGTC
vn1;dn3;ds1-CACAGC
vn1;dn2;ds1-CACATA
vn3;dn3;ds1-CACCAG
vn3;dn5;ds2-CACGCT
vn1;dn4;ds1-CACGTC
vn1;dn2;ds0-CACTGC
vn1;dn1;ds1-CAGACC
vn1;dn3;ds2-CAGCAC
vn2;dn1;ds1-CAGCCT
vn1;dn1;ds4-CATAAG
vn2;dn1;ds2-CCAACC
vn4;dn1;ds1-CCAAGT
vn2;dn1;ds0-CCAGAG
vn2;dn1;ds0-CCAGCA
vn1;dn2;ds0-CCATAC
vn2;dn0;ds1-CCCAGT
vn1;dn4;ds0-CCCCTA
vn2;dn4;ds0-CCCTTA
vn1;dn2;ds1-CCCTTC
vn2;dn0;ds0-CCGAGG
vn0;dn3;ds0-CCGTGC
vn0;dn4;ds0-CCGTTA
vn2;dn0;ds0-CCTCGG
vn1;dn3;ds0-CCTGAA
vn1;dn1;ds2-CCTGAC
vn1;dn1;ds2-CCTGCT
vn2;dn1;ds1-CCTTCC
vn2;dn0;ds0-CGAGGT
vn2;dn2;ds0-CGCCTC
vn1;dn1;ds1-CGCTTG
vn2;dn0;ds2-CGGAGC
vn0;dn2;ds0-CGGTTC
vn1;dn1;ds0-CGGTTG
vn2;dn6;ds0-CGTGCT
vn1;dn2;ds5-CGTTTG
vn1;dn1;ds2-CTAAAC
vn0;dn2;ds0-CTACCC
vn1;dn2;ds3-CTAGTT
vn3;dn1;ds0-CTATGT
vn1;dn2;ds0-CTCCTA
vn2;dn0;ds0-CTCGAG
vn3;dn1;ds1-CTCTAT
vn2;dn1;ds0-CTCTGG
vn7;dn5;ds0-CTGAAA
vn3;dn3;ds1-CTGGTG
vn2;dn1;ds0-CTGTCC
vn1;dn1;ds4-CTTATG
vn1;dn3;ds0-CTTCCC
vn0;dn2;ds0-GAACCG
vn1;dn2;ds1-GAAGGG
vn1;dn4;ds0-GACAGT
vn0;dn2;ds0-GACGGC
vn1;dn4;ds1-GACGTG
vn1;dn2;ds1-GACTTG
vn1;dn1;ds0-GAGATA
vn3;dn2;ds2-GAGATT
vn4;dn1;ds1-GAGGAT
vn1;dn2;ds0-GAGGCA
vn2;dn2;ds0-GAGGCG
vn2;dn0;ds0-GAGTCT
vn1;dn1;ds0-GAGTGC
vn2;dn1;ds0-GATACT
vn2;dn5;ds7-GATCAT
vn2;dn7;ds1-GCACGC
vn0;dn3;ds0-GCACGG
vn1;dn1;ds0-GCACTC
vn4;dn2;ds1-GCAGGA
vn1;dn2;ds0-GCAGTG
vn1;dn1;ds1-GCCCTA
vn0;dn2;ds0-GCCGTC
vn2;dn0;ds2-GCCTCC
vn0;dn2;ds0-GCGATA
vn1;dn5;ds0-GCGCTT
vn2;dn7;ds1-GCGTGC
vn1;dn3;ds1-GCTCAA
vn2;dn0;ds0-GCTCCG
vn1;dn1;ds1-GCTCGA
vn1;dn3;ds1-GCTGTG
vn2;dn1;ds1-GGAAGG
vn4;dn2;ds3-GGACAA
vn2;dn1;ds0-GGACAG
vn1;dn2;ds0-GGAGCA
vn2;dn0;ds2-GGAGGC
vn3;dn11;ds6-GGATCA
vn2;dn1;ds0-GGCACT
vn1;dn1;ds1-GGCCTA
vn2;dn2;ds4-GGCTTA
vn1;dn3;ds0-GGGAAG
vn1;dn1;ds2-GGGATT
vn4;dn1;ds1-GGGGAA
vn3;dn1;ds0-GGGGCT
vn1;dn2;ds0-GGGTAA
vn0;dn2;ds0-GGGTAG
vn1;dn8;ds6-GGTAAA
vn1;dn2;ds0-GGTACA
vn1;dn1;ds1-GGTCTG
vn2;dn0;ds0-GGTCTT
vn2;dn6;ds1-GGTGGT
vn0;dn2;ds0-GGTTCT
vn2;dn1;ds2-GGTTGG
vn0;dn3;ds0-GTACCA
vn0;dn4;ds0-GTAGGA
vn1;dn2;ds0-GTATGG
vn1;dn1;ds2-GTCAGG
vn0;dn2;ds0-GTCCTA
vn3;dn2;ds1-GTGAGT
vn2;dn10;ds1-GTGCCA
vn1;dn3;ds2-GTGCTG
vn4;dn2;ds2-GTTAAC
vn2;dn2;ds0-GTTAGA
vn1;dn1;ds2-GTTTAG
vn0;dn4;ds0-TAACGG
vn2;dn2;ds4-TAAGCC
vn2;dn4;ds0-TAAGGG
vn3;dn0;ds1-TACACT
vn1;dn2;ds1-TAGGAA
vn0;dn2;ds0-TAGGAC
vn1;dn2;ds0-TAGGAG
vn2;dn0;ds0-TAGGCT
vn1;dn1;ds1-TAGGGC
vn1;dn4;ds0-TAGGGG
vn1;dn1;ds0-TAGTGA
vn2;dn3;ds0-TATACA
vn0;dn2;ds0-TATCGC
vn1;dn1;ds0-TATCTC
vn1;dn2;ds1-TATGTG
vn1;dn1;ds0-TCACTA
vn1;dn3;ds0-TCAGGA
vn6;dn1;ds0-TCCAGA
vn0;dn4;ds0-TCCTAC
vn2;dn2;ds1-TCCTAT
vn1;dn3;ds0-TCCTGA
vn4;dn2;ds1-TCCTGC
vn1;dn1;ds1-TCGAGC
vn1;dn2;ds0-TCGCCT
vn2;dn2;ds0-TCTAAC
vn3;dn0;ds3-TCTATT
vn6;dn1;ds0-TCTCCT
vn1;dn1;ds0-TCTGAA
vn6;dn1;ds0-TCTGGA
vn1;dn4;ds0-TCTTGT
vn2;dn1;ds0-TGAGAT
vn2;dn0;ds8-TGATCA
vn3;dn11;ds6-TGATCC
vn0;dn3;ds0-TGCCGT
vn1;dn;2ds0-TGCCTC
vn1;dn;2ds0-TGCTCC
vn2;dn;1ds0-TGCTGG
vn2;dn;4ds2-TGGAAT
vn2;dn10;ds1-TGGCAC
vn0;dn6;ds0-TGGGGT
vn0;dn3;ds0-TGGTAC
vn2;dn0;ds0-TGGTCT
vn1;dn2;ds0-TGTACC
vn2;dn3;ds0-TGTATA
vn1;dn2;ds0-TTACCC
vn1;dn1;ds0-TTCAGA
vn1;dn3;ds0-TTCAGG
vn4;dn1;ds1-TTCCCC
vn1;dn2;ds1-TTCCTA
vn1;dn3;ds1-TTGAGC
vn4;dn2;ds3-TTGTCC
vn1;dn8;ds6-TTTACC
vn7;dn5;ds0-TTTCAG
vn1;dn3;ds5-AAAAACT
vn1;dn1;ds1-AAAACTC
vn2;dn0;ds2-AAAACTT
vn1;dn2;ds1-AAAAGGC
vn0;dn2;ds0-AAAAGGT
vn4;dn2;ds1-AAAATGC
vn0;dn2;ds0-AAACCGA
vn1;dn1;ds3-AAACGAG
vn0;dn3;ds0-AAACGTG
vn4;dn1;ds2-AAACTCT
vn2;dn0;ds1-AAACTTA
vn2;dn0;ds0-AAAGAGA
vn2;dn0;ds1-AAAGAGC
vn2;dn0;ds0-AAAGCCT
vn1;dn2;ds1-AAAGCGC
vn1;dn3;ds0-AAAGGCG
vn2;dn1;ds0-AAAGGTC
vn2;dn2;ds1-AAAGTTG
vn2;dn3;ds1-AAATATG
vn0;dn4;ds0-AACAAGA
vn0;dn2;ds0-AACAGCC
vn0;dn3;ds0-AACCGAA
vn1;dn1;ds0-AACCGCT
vn2;dn0;ds0-AACCTAT
vn1;dn1;ds1-AACGAGG
vn1;dn1;ds1-AACTATT
vn1;dn1;ds0-AACTCAC
vn1;dn2;ds0-AACTTTG
vn1;dn2;ds0-AAGATCT
vn1;dn2;ds0-AAGATTA
vn2;dn0;ds1-AAGCCTT
vn3;dn2;ds1-AAGCGTG
vn0;dn4;ds0-AAGCTGC
vn3;dn0;ds0-AAGCTGT
vn0;dn3;ds0-AAGGATC
vn1;dn1;ds0-AAGGCAG
vn2;dn0;ds1-AAGGCTT
vn1;dn2;ds0-AAGGGTA
vn0;dn2;ds0-AAGTAAA
vn1;dn1;ds0-AAGTGAC
vn2;dn0;ds2-AAGTTTT
vn3;dn0;ds2-AATAAAG
vn2;dn1;ds0-AATAAGG
vn1;dn1;ds0-AATAGCC
vn1;dn1;ds1-AATAGTT
vn0;dn4;ds0-AATATGG
vn0;dn2;ds0-AATCCGC
vn2;dn0;ds0-AATCTCA
vn0;dn4;ds0-AATGCAC
vn0;dn3;ds0-AATGCGA
vn1;dn2;ds0-AATGGGG
vn5;dn2;ds7-AATTAGA
vn1;dn3;ds2-AATTCCA
vn0;dn2;ds0-AATTCCG
vn1;dn3;ds1-AATTTAG
vn1;dn1;ds2-ACAAACG
vn2;dn2;ds0-ACAAAGC
vn0;dn2;ds0-ACAACTC
vn1;dn1;ds0-ACAAGAG
vn1;dn1;ds0-ACAAGGT
vn2;dn1;ds0-ACAATGT
vn1;dn3;ds1-ACAATTC
vn0;dn2;ds0-ACACATC
vn0;dn2;ds0-ACACGCA
vn2;dn2;ds0-ACACGCC
vn0;dn2;ds0-ACACGTC
vn2;dn0;ds0-ACAGAGT
vn3;dn0;ds0-ACAGCTT
vn1;dn1;ds1-ACATTAT
vn0;dn2;ds0-ACATTCA
vn2;dn1;ds0-ACATTGT
vn1;dn3;ds0-ACCAAAT
vn1;dn5;ds1-ACCACCA
vn1;dn1;ds0-ACCACCC
vn2;dn1;ds0-ACCAGCT
vn0;dn2;ds0-ACCCCAA
vn0;dn3;ds0-ACCCTTA
vn2;dn0;ds0-ACCTCCC
vn0;dn2;ds0-ACCTGAA
vn1;dn1;ds0-ACCTTGT
vn0;dn2;ds0-ACCTTTT
vn0;dn2;ds0-ACGCAAT
vn0;dn2;ds0-ACGGCAA
vn1;dn1;ds0-ACGTGAA
vn1;dn1;ds0-ACGTGAT
vn1;dn5;ds0-ACGTGCC
vn1;dn3;ds0-ACGTGTG
vn1;dn2;ds0-ACTACAA
vn1;dn1;ds0-ACTCACC
vn2;dn0;ds0-ACTCTGT
vn1;dn1;ds0-ACTTAAG
vn1;dn1;ds1-ACTTGAA
vn3;dn0;ds0-ACTTGGA
vn1;dn1;ds1-ACTTGGC
vn1;dn1;ds1-AGAACTA
vn2;dn1;ds0-AGAAGCG
vn4;dn1;ds2-AGAGTTT
vn2;dn2;ds1-AGATGCA
vn2;dn1;ds1-AGATGCT
vn1;dn1;ds0-AGCAACC
vn2;dn2;ds1-AGCACGC
vn0;dn3;ds0-AGCAGCT
vn1;dn1;ds0-AGCATAT
vn2;dn1;ds1-AGCATCT
vn1;dn1;ds3-AGCATGA
vn1;dn2;ds0-AGCCAAA
vn1;dn1;ds0-AGCCACA
vn2;dn0;ds0-AGCCCCC
vn1;dn1;ds0-AGCGGTT
vn0;dn2;ds0-AGCGTCA
vn1;dn2;ds0-AGCTGAT
vn0;dn3;ds0-AGCTGCT
vn2;dn1;ds0-AGCTGGT
vn1;dn1;ds3-AGCTTAA
vn0;dn3;ds0-AGCTTAG
vn2;dn1;ds0-AGGAGAA
vn2;dn0;ds0-AGGAGAG
vn1;dn2;ds0-AGGCACG
vn1;dn1;ds0-AGGCATA
vn2;dn0;ds0-AGGCCAG
vn2;dn0;ds0-AGGCTGA
vn2;dn1;ds1-AGGCTTA
vn2;dn0;ds0-AGGCTTT
vn1;dn1;ds0-AGGTACA
vn1;dn1;ds1-AGGTTTC
vn0;dn2;ds0-AGTAACA
vn0;dn3;ds0-AGTAGGA
vn1;dn1;ds0-AGTAGGC
vn1;dn1;ds0-AGTATTG
vn1;dn1;ds1-AGTGAAT
vn2;dn0;ds0-AGTGTAA
vn2;dn1;ds1-AGTTAAC
vn1;dn1;ds1-AGTTTGA
vn1;dn3;ds5-AGTTTTT
vn1;dn4;ds3-ATAAAAG
vn2;dn2;ds0-ATAACTC
vn1;dn2;ds0-ATAAGGG
vn1;dn1;ds1-ATAATGT
vn1;dn1;ds1-ATAGAGA
vn2;dn0;ds0-ATAGGTT
vn1;dn1;ds0-ATAGTAA
vn2;dn0;ds1-ATAGTTG
vn0;dn3;ds0-ATATACA
vn1;dn1;ds0-ATATGCA
vn1;dn1;ds0-ATATGCT
vn1;dn3;ds1-ATATGGC
vn1;dn2;ds0-ATATTCA
vn1;dn3;ds0-ATATTGA
vn1;dn1;ds0-ATCACGT
vn2;dn1;ds0-ATCAGCC
vn1;dn2;ds0-ATCAGCT
vn1;dn1;ds0-ATCATTG
vn0;dn2;ds0-ATCCACA
vn1;dn1;ds0-ATCTCAA
vn1;dn3;ds3-ATGATCC
vn1;dn1;ds1-ATGATGC
vn2;dn0;ds2-ATGCAAG
vn1;dn3;ds0-ATGCAGC
vn2;dn1;ds0-ATGCTTA
vn1;dn1;ds0-ATGTGAG
vn2;dn0;ds0-ATTACTC
vn2;dn1;ds0-ATTCAAG
vn1;dn1;ds1-ATTCACT
vn2;dn0;ds0-ATTCCAG
vn1;dn1;ds1-ATTCTTC
vn0;dn2;ds0-ATTGCGT
vn2;dn2;ds1-ATTGTCC
vn1;dn2;ds1-ATTTAGG
vn1;dn2;ds1-ATTTGGA
vn1;dn3;ds1-ATTTGGT
vn1;dn4;ds3-ATTTTAA
vn0;dn2;ds0-ATTTTGC
vn0;dn4;ds0-CAAAAAC
vn1;dn2;ds0-CAAAGTT
vn2;dn5;ds0-CAAATGC
vn1;dn2;ds0-CAACAGC
vn2;dn2;ds0-CAACCTG
vn0;dn3;ds0-CAACTAA
vn2;dn0;ds1-CAACTAT
vn0;dn2;ds0-CAAGAGC
vn2;dn3;ds0-CAAGCTG
vn0;dn4;ds0-CAAGTGC
vn1;dn1;ds0-CAATACT
vn2;dn0;ds0-CAATAGA
vn1;dn1;ds0-CAATCAC
vn1;dn1;ds0-CAATGAT
vn2;dn2;ds0-CAATGGG
vn2;dn1;ds0-CACAATG
vn1;dn2;ds0-CACGCGC
vn3;dn2;ds1-CACGCTT
vn1;dn2;ds0-CACGTGA
vn1;dn1;ds0-CACGTGG
vn0;dn2;ds0-CACGTTC
vn0;dn3;ds0-CACGTTT
vn2;dn0;ds1-CACTCAC
vn0;dn2;ds0-CACTTCA
vn1;dn2;ds0-CAGCACG
vn0;dn4;ds2-CAGCAGC
vn1;dn3;ds0-CAGCTGG
vn1;dn1;ds0-CAGCTTC
vn1;dn3;ds0-CAGCTTG
vn2;dn0;ds0-CAGGAAC
vn2;dn0;ds0-CAGGAGC
vn0;dn2;ds0-CAGGATA
vn2;dn2;ds0-CAGGTTG
vn2;dn1;ds0-CATATGA
vn2;dn3;ds1-CATATTT
vn1;dn1;ds1-CATCATA
vn1;dn2;ds1-CATGCAG
vn0;dn3;ds0-CATGCTC
vn1;dn1;ds0-CATTCCA
vn2;dn1;ds0-CATTGTG
vn2;dn2;ds2-CATTTTC
vn1;dn1;ds0-CCAAACA
vn1;dn1;ds1-CCAACAA
vn2;dn1;ds0-CCAAGTA
vn2;dn1;ds0-CCACAAA
vn1;dn3;ds0-CCACACG
vn2;dn2;ds0-CCACCAG
vn1;dn1;ds0-CCACGTG
vn1;dn2;ds0-CCACTCA
vn1;dn1;ds0-CCAGCAG
vn1;dn3;ds0-CCAGCTG
vn3;dn0;ds0-CCAGGGC
vn1;dn1;ds0-CCATACA
vn0;dn3;ds0-CCATATT
vn1;dn2;ds0-CCATGAA
vn1;dn2;ds0-CCCACCA
vn2;dn2;ds0-CCCATTG
vn2;dn0;ds0-CCCCAAA
vn1;dn2;ds0-CCCCATT
vn3;dn0;ds0-CCCCCAC
vn1;dn2;ds0-CCCTTAT
vn1;dn2;ds1-CCTAAAT
vn1;dn1;ds1-CCTCGTT
vn1;dn1;ds0-CCTGAAA
vn2;dn1;ds0-CCTTATT
vn2;dn0;ds1-CCTTCCA
vn2;dn0;ds0-CCTTGTC
vn0;dn3;ds0-CGATCGC
vn0;dn2;ds0-CGCCGCA
vn1;dn3;ds1-CGCCTTT
vn2;dn2;ds0-CGCGTGC
vn1;dn1;ds0-CGCTTCT
vn0;dn2;ds0-CGGAATT
vn0;dn3;ds0-CGGCAAA
vn0;dn3;ds0-CGTAAAC
vn1;dn1;ds0-CGTCACC
vn2;dn1;ds0-CGTCCAG
vn0;dn9;ds0-CGTGCCA
vn1;dn1;ds0-CGTGCCC
vn1;dn2;ds0-CGTGCCT
vn1;dn2;ds1-CGTGCTG
vn1;dn3;ds0-CGTGTGG
vn1;dn1;ds2-CGTTTGT
vn1;dn3;ds1-CTAAATT
vn1;dn1;ds1-CTAACAA
vn1;dn1;ds2-CTAAGCC
vn0;dn3;ds0-CTAAGCT
vn2;dn0;ds0-CTATTGA
vn2;dn1;ds0-CTCAATC
vn1;dn1;ds0-CTCACAT
vn2;dn0;ds0-CTCAGCA
vn1;dn1;ds0-CTCATTC
vn3;dn0;ds0-CTCCAGA
vn1;dn1;ds0-CTCCGCC
vn3;dn0;ds0-CTCCTGC
vn1;dn1;ds3-CTCGTTT
vn2;dn1;ds0-CTCTCCC
vn2;dn0;ds0-CTCTCCT
vn1;dn1;ds2-CTCTTGC
vn1;dn1;ds0-CTCTTGT
vn1;dn1;ds0-CTGAAAA
vn1;dn1;ds0-CTGAAAC
vn2;dn2;ds0-CTGAAAT
vn2;dn0;ds0-CTGAGAA
vn1;dn2;ds1-CTGCATG
vn1;dn1;ds0-CTGCCTT
vn0;dn3;ds0-CTGCTGC
vn1;dn1;ds0-CTGCTGG
vn2;dn0;ds0-CTGGAAT
vn2;dn1;ds0-CTGGACG
vn2;dn0;ds0-CTGGCAC
vn2;dn0;ds0-CTGGCCT
vn2;dn1;ds0-CTGGCGC
vn2;dn2;ds0-CTGGTGG
vn2;dn0;ds0-CTGTAAC
vn0;dn2;ds0-CTGTCGC
vn1;dn1;ds0-CTTAAGT
vn1;dn1;ds0-CTTATTC
vn1;dn2;ds0-CTTCATC
vn1;dn1;ds0-CTTCCCC
vn3;dn0;ds0-CTTCTAA
vn1;dn1;ds1-CTTCTGC
vn2;dn1;ds0-CTTGAAT
vn1;dn1;ds1-CTTGAGA
vn2;dn0;ds2-CTTGCAT
vn2;dn1;ds0-CTTGTTA
vn3;dn0;ds2-CTTTATT
vn2;dn2;ds0-CTTTGTC
vn1;dn4;ds3-CTTTTAT
vn1;dn1;ds0-CTTTTCA
vn3;dn1;ds4-GAAAAAA
vn2;dn2;ds2-GAAAATG
vn2;dn2;ds1-GAAACAC
vn1;dn1;ds1-GAAACCT
vn2;dn1;ds1-GAAACTC
vn3;dn3;ds6-GAAAGGA
vn1;dn1;ds1-GAACAAA
vn0;dn2;ds0-GAACGTG
vn1;dn1;ds1-GAAGAAT
vn1;dn1;ds0-GAAGCTG
vn1;dn1;ds0-GAATAAG
vn1;dn1;ds0-GAATGAG
vn1;dn2;ds1-GAATGCA
vn1;dn3;ds3-GAATTAA
vn1;dn3;ds1-GAATTGT
vn2;dn2;ds0-GACAAAG
vn1;dn1;ds0-GACAACA
vn2;dn0;ds0-GACAAGG
vn0;dn2;ds0-GACACCC
vn2;dn1;ds0-GACCACC
vn1;dn1;ds0-GACCTTT
vn2;dn1;ds0-GACGTGA
vn0;dn2;ds0-GACGTGT
vn1;dn1;ds1-GACTTAA
vn2;dn0;ds2-GAGATTA
vn1;dn1;ds0-GAGCACA
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vn3;dn1;ds0-GAGCCAA
vn1;dn1;ds0-GAGGCGA
vn2;dn0;ds0-GAGTAAT
vn2;dn2;ds0-GAGTTAT
vn0;dn2;ds0-GAGTTGT
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vn1;dn1;ds1-GAGTTTT
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vn1;dn2;ds0-GCGCTTT
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vn0;dn2;ds0-GCTCTTG
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vn1;dn2;ds0-GCTGAAA
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vn0;dn4;ds0-GCTGCTG
vn1;dn2;ds0-GCTGTTG
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vn2;dn2;ds0-GCTTTGT
vn1;dn2;ds1-GGAAAAA
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vn2;dn0;ds0-GGGAGGT
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vn3;dn0;ds0-GTGGGGG
vn1;dn2;ds0-GTGTAAA
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vn1;dn1;ds0-GTTGGTA
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vn1;dn2;ds0-TACCCTT
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vn1;dn1;ds1-TAGTTCT
vn1;dn1;ds0-TAGTTGA
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vn0;dn2;ds0-TATCCTG
vn1;dn1;ds1-TATGATG
vn2;dn4;ds3-TATGCAA
vn1;dn1;ds0-TATGCCT
vn1;dn3;ds0-TATTGTA
vn1;dn1;ds1-TCAAACT
vn1;dn1;ds0-TCAACTA
vn2;dn0;ds0-TCAATAG
vn1;dn3;ds0-TCAATAT
vn0;dn2;ds0-TCACACC
vn2;dn0;ds0-TCAGCCT
vn0;dn2;ds0-TCAGGAA
vn2;dn1;ds0-TCATATG
vn1;dn2;ds0-TCATGCA
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vn1;dn2;ds1-TCCAAAT
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vn3;dn0;ds0-TCCAGAC
vn0;dn3;ds0-TCCTACT
vn3;dn3;ds6-TCCTTTC
vn0;dn3;ds0-TCGCATT
vn1;dn1;ds0-TCGCCTC
vn0;dn2;ds0-TCGGTTT
vn2;dn1;ds0-TCTAACC
vn5;dn2;ds7-TCTAATT
vn2;dn0;ds0-TCTATTG
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vn2;dn0;ds0-TCTCCAA
vn1;dn1;ds1-TCTCTAT
vn2;dn0;ds0-TCTCTGC
vn2;dn0;ds0-TCTCTTT
vn2;dn0;ds0-TCTGGAC
vn3;dn0;ds0-TCTGGAG
vn0;dn4;ds0-TCTTGTT
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vn1;dn1;ds0-TGAAACC
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vn0;dn2;ds0-TGAAGTG
vn2;dn2;ds1-TGAATAA
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vn1;dn3;ds1-TGAGAAA
vn2;dn0;ds0-TGAGATT
vn1;dn2;ds0-TGAGCGC
vn0;dn2;ds0-TGAGGCA
vn1;dn2;ds0-TGAGTGG
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vn2;dn2;ds1-TGCATCT
vn1;dn2;ds0-TGCATGA
vn1;dn2;ds1-TGCATTC
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vn0;dn2;ds0-TGCCTCA
vn0;dn2;ds0-TGCGGCG
vn0;dn2;ds0-TGCGTGT
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vn1;dn1;ds0-TGCTGGC
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vn1;dn1;ds0-TGGAATG
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vn1;dn3;ds1-TGGATCA
vn1;dn1;ds2-TGGATTA
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vn1;dn3;ds3 -TGGGAAA
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vn1;dn1;ds0-TGTGCTC
vn0;dn2;ds0-TGTGGAT
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vn0;dn2;ds0-TTCAGGT
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vn1;dn1;ds1-TTCTAAA
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vn2;dn0;ds0-TTCTCAG
vn2;dn1;ds0-TTCTCCT
vn1;dn1;ds0-TTGAGAT
vn2;dn4;ds3-TTGCATA
vn0;dn3;ds0-TTGCCAA
vn0;dn2;ds0-TTGCCGT
vn2;dn0;ds0-TTGGAGA
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vn0;dn2;ds0-TTGGGGT
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vn1;dn1;ds1-TTGTTGG
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vn0;dn5;ds0-TTTGGCA
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vn2;dn0;ds0-TTTGGGG
vn2;dn1;ds0-TTTGTGG
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vn0;dn2;ds0-AAATGCGA
vn1;dn1;ds0-AAATGGAT
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vn0;dn3;ds0-ATTATATA
vn1;dn3;ds2-ATTATGCA
vn1;dn3;ds1-ATTATTAC
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vn1;dn1;ds0-CACGTGTG
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vn0;dn3;ds0-CAGCAGCT
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vn1;dn1;ds0-CAGCTGTG
vn1;dn1;ds0-CAGGGCAA
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vn1;dn1;ds3-CATTTTTT
vn2;dn1;ds1-CCAAATCC
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vn0;dn2;ds0-CCAATTAA
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vn0;dn2;ds0-CCACCAAA
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vn0;dn3;ds0-CCAGGTGT
vn2;dn0;ds0-CCATATGG
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vn1;dn1;ds0-CCATTATT
vn1;dn1;ds0-CCCACCAG
vn2;dn1;ds0-CCCATTGT
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vn1;dn1;ds0-CCCCATTG
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vn1;dn1;ds0-CCCTTATT
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vn0;dn2;ds0-CCTGCGTC
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vn1;dn1;ds0-CCTTTGTC
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vn0;dn2;ds0-CGAATTTT
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vn2;dn0;ds0-TCATATGA
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vn1;dn1;ds1-TGAGAAAT
vn1;dn2;ds1-TGAGAATT
vn2;dn1;ds0-TGAGTTAT
vn1;dn1;ds0-TGATCCAA
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vn1;dn1;ds0-TGATTGAG
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vn0;dn4;ds0-TTACCTTG
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vn1;dn2;ds3-TTATTCAA
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