Anopheles gambiae knirps Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except Aedes aegypti or Culex pipiens


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.


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10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
14775
14850
14925
15000
15075
15150
15225
15300
15375
15450
15525
15600


Enhanced BLAT Score Card

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 Mosquito EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile



  


 Gene Name: knirps
        

     Reference Genome: Anopheles gambiae
    		





 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.




  

    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  

  

   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  

  

    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  




 
View test species eBLAT to identify gap(s).











  

    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  

  

    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2nd or 3rd eBLAT
    
  

  

    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  

  

    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1st, 2nd  and 3rd eBLATs
    
  

  

    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1st and 2nd eBLATs
    
  

  

    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1st and 3rd eBLATs
    
  









 

    

        
 
            
              agambiae
              (Ref  Sequence)

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            15600
            1
            156000837 

  

           
            840
            2237
            30780
                 0 /
                 3
               

  

           
            837
            2237
            30750
                 0 /
                 0
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              aaegypti

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            820
            833
            62121 

  

           
            265
            9639
            100630
                 100 /
                 0
               

  

           
            206
            9707
            99920
                 41 /
                 0
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              cpipiens

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            498
            4886
            149124 

  

           
            359
            4799
            149210
                 80 /
                 226
               

  

           
            136
            9708
            110071
                 83 /
                 0
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None