Drosophila EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  D.melanogaster aop Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the D.melanogaster aop reference sequence that are conserved in the D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.pseudoobscura, D.willistoni, D.virilis, D.grimshawi  and D.mojavensis orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 3' --> 5' direction)


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aop Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.pseudoobscura, D.willistoni, D.virilis, D.grimshawi or D.mojavensis.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

aaccatctgccttataaaagacgagcacctggtttagggttttaggctggattagctgaatatagcgaggatcaa
taaaattcgcgaaatattattttcgctgaagtaggatcctacctgacttcttgtgccaaaggtggttacttatta
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22725
22800
22875
22950
23025
23100
23175
23250
23325
23400
23475
23550
23625
23700
23775
23850
23925
24000
24075
24150
24225
24300
24375
24450
24525
24600
24675
24750
24825
24900
24975
25050
25125
25200
25275
25350
25425
25500
25575
25650
25725
25800
25875
25950
26025
26100
26175
26250
26325
26400
26475
26550
26625
26700
26775
26850
26925
27000
27075
27150
27225
27300
27375
27450
27525
27600
27675
27750
27825
27900
27975
28050
28125
28200
28275
28350
28425
28500
28575
28650
28725
28800
28875
28950
29025
29100
29175
29250
29325
29400

Enhanced BLAT Score Card

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 Drosophila EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: aop
        

     Reference Genome: D.melanogaster
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              D.melanogaster
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            29399
            1
            29399 0 67 
  
           
            198
            3947
            23338 0 
                 0 /
                 131
               
  
           
            171
            3893
            4333 0 
                 0 /
                 104
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.sechellia
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            26875
            1
            29399 2 69 
  
           
            865
            13238
            14146 1 
                 2 /
                 794
               
  
           
            761
            14061
            14952 0 
                 14 /
                 678
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.yakuba
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            25674
            1
            29399 0 85 
  
           
            149
            3955
            4378 0 
                 4 /
                 59
               
  
           
            210
            3956
            23507 0 
                 4 /
                 120
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.erecta
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            25345
            1
            29296 0 115 
  
           
            194
            3895
            4373 0 
                 1 /
                 73
               
  
           
            146
            3942
            4378 0 
                 1 /
                 25
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              D.simulans
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            21242
            1
            29369 3  
  
           
            4148
            11209
            15691 1 
                 4141 /
                 7
               
  
           
            891
            25854
            26826 2 
                 832 /
                 59
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.ananassae
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            14145
            129
            29347 1 64 
  
           
            166
            3943
            4378 0 
                 27 /
                 58
               
  
           
            139
            3708
            4180 0 
                 11 /
                 47
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.pseudoobscura
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            11533
            144
            29260 0 59 
  
           
            235
            3938
            23041 3 
                 98 /
                 46
               
  
           
            104
            3938
            4056 17 
                 11 /
                 2
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.persimilis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            10999
            955
            29260 1 44 
  
           
            97
            3944
            4064 0 
                 13 /
                 9
               
  
           
            83
            3939
            4057 0 
                 2 /
                 6
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              D.willistoni
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            7213
            591
            29260 0 49 
  
           
            181
            3955
            23040 3 
                 80 /
                 2
               
  
           
            213
            3955
            23037 1 
                 112 /
                 2
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.virilis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            5938
            975
            29250 0 47 
  
           
            290
            3955
            15381 0 
                 185 /
                 42
               
  
           
            203
            3955
            23030 2 
                 89 /
                 51
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.grimshawi
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            5436
            686
            26488 0  
  
           
            158
            7832
            8036 0 
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                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.mojavensis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
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                 0
               
  
           
            139
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                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
D.melanogaster aop Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the D.melanogaster aop reference sequence that are conserved in the D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.pseudoobscura, D.willistoni, D.virilis, D.grimshawi and D.mojavensis orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
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D.melanogaster aop Genomic EvoPrint (Back to Top)

aop Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint (Back to Top)

Enhanced BLAT Score Card (Back to Top)

Drosophila EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile
