Drosophila EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  D.melanogaster ap Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the D.melanogaster ap reference sequence that are conserved in the D.erecta, D.yakuba, D.pseudoobscura, D.persimilis, D.willistoni  and D.grimshawi orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 3' --> 5' direction)


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ap Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except D.erecta, D.yakuba, D.pseudoobscura, D.persimilis, D.willistoni or D.grimshawi.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

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aattaaattctcaattggaaaaaactccatagttttctgccttatactggaaatgtagaaatttcaagcgctaaa
agagttttgaaaaatcgccaaagctaacataagggccttcctcgtagagtaaaagggtatacttgattcgttgaa
aagtatgtaacaggaaaaacgatgcgattccgatcttacaaagatatatataaagtatatatatataaagtatat
atatatataaagtatatataaagtatatatatatatatttttgatcaggatcaatagccgagtcgatctagcaat
gtccgcctttcggaccatccgtttaaacgtcgatatctcaggaactataaagctagaaggttgagattaagctta
aaattctagaggcatagactcagcatgtttattccccgcacacataactgccacgcccatttttttttttacaaa
atgttttcattttgttttatttttttgtttgtcttgtcaatttctgtcggtatactggccacccccctctagcac
ctacaaaacgcttaaaacggtcacgtccacacttttgaaaatgttttcatttttttatatttttccgcaagatgt
atcgcttttgcatttcgactatctgagtaacgggtatctgatagtcgggaatctcgactatagcattctcttttg
ttatactcgttacttgttttaactggatacccagcaaagtaaaaacaaagttgtttcagttgagcggtcttatga
tataatggtgaaatctgaagattttaaacagaacaaaagaaagacagaaattgaacgaattttaaaaagtgtgac
ttttagaggtttgtttttgtgtacttgcgcctcatttcccgatatctcgatgacaaacggatacagcttatctta
tggacctaatatatcctgaccaggcttaattattctcaaaaaattcagaac
  75
150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
900
975
1050
1125
1200
1275
1350
1425
1500
1575
1650
1725
1800
1875
1950
2025
2100
2175
2250
2325
2400
2475
2550
2625
2700
2775
2850
2925
3000
3075
3150
3225
3300
3375
3450
3525
3600
3675
3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
5025
5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
14775
14850
14925
15000
15075
15150
15225
15300
15375
15450
15525
15600
15675
15750
15825
15900
15975
16050
16125
16200
16275
16350
16425
16500
16575
16650
16725
16800
16875
16950
17025
17100
17175
17250
17325
17400
17475
17550
17625
17700
17775
17850
17925
18000
18075
18150
18225
18300
18375
18450
18525
18600
18675
18750
18825
18900
18975
19050
19125
19200
19275
19350
19425
19500
19575
19650
19725
19800
19875
19950
20025
20100
20175
20250
20325
20400
20475
20550
20625
20700
20775
20850
20925
21000
21075
21150
21225
21300
21375
21450
21525
21600
21675
21750
21825
21900
21975
22050
22125
22200
22275
22350
22425
22500
22575
22650
22725
22800
22875
22950
23025
23100
23175
23250
23325
23400
23475
23550
23625
23700
23775
23850
23925
24000
24075
24150
24225
24300
24375
24450
24525

Enhanced BLAT Score Card

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 Drosophila EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: ap
        

     Reference Genome: D.melanogaster
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              D.melanogaster
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            24501
            1
            24501 0 494 
  
           
            2257
            10340
            20237 0 
                 0 /
                 1763
               
  
           
            2103
            9965
            16889 0 
                 0 /
                 1609
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.simulans
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            16280
            851
            24501 4 308 
  
           
            2107
            7622
            16889 39 
                 288 /
                 299
               
  
           
            1615
            10337
            16889 108 
                 48 /
                 47
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.erecta
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            10240
            2446
            23042 0 290 
  
           
            2042
            6803
            24221 2 
                 950 /
                 291
               
  
           
            1392
            6850
            17375 4 
                 479 /
                 112
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.sechellia
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            9721
            8089
            24492 2 117 
  
           
            6268
            6380
            16658 17 
                 2063 /
                 3837
               
  
           
            5782
            1062
            8503 1 
                 5238 /
                 176
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              D.yakuba
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            9641
            2447
            23178 0  
  
           
            626
            9964
            10969 21 
                 104 /
                 27
               
  
           
            525
            9964
            10750 87 
                 30 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.pseudoobscura
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            4036
            2499
            22924 0  
  
           
            376
            7007
            23853 24 
                 177 /
                 7
               
  
           
            300
            7000
            23784 1 
                 108 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.persimilis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            3908
            2499
            22884 0  
  
           
            288
            7007
            10488 24 
                 171 /
                 0
               
  
           
            202
            9965
            10499 0 
                 85 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.willistoni
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            3100
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            155
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                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              D.ananassae
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            2126
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            209
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                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.grimshawi
         
             Score
             Start
             End
             Ns
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                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.virilis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
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            206
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                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.mojavensis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
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                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
D.melanogaster ap Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the D.melanogaster ap reference sequence that are conserved in the D.erecta, D.yakuba, D.pseudoobscura, D.persimilis, D.willistoni and D.grimshawi orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
Drosophila EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

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ap Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint (Back to Top)

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Drosophila EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile
