Drosophila EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  D.melanogaster Apc Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the D.melanogaster Apc reference sequence that are conserved in the D.simulans, D.sechellia, D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.virilis  and D.mojavensis orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 3' --> 5' direction)


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Apc Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except D.simulans, D.sechellia, D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.virilis or D.mojavensis.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

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TAtCttCGCAGaGAaTTGCAGCACTGaTCCTCCGGTTTGGGTCCaTGaACGGCgTGATCCAaaTGaACCAGATTg
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ATCTGCACCAGaAGCGGCATGCAaCCaGAGCGtCtaAgaGTtGCaCAactttgagcatTTCCGGAcAGcTCcAGg
AACTTTTTgGcCATTTCgAgaGGATCatTTGAGCCCAaCATGGAGAGCAGtGAGTAaACaCACTCcACcTTGGat
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CGCTCgAAgTTcctgTCcAGGCTgCGATGttCtCtcATCTCcCGCAGCTCCTGgGCCAaCATgTAgTCcGGCGGa
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TGgGTGaAGTGCAGCGTgTTGTCGTCCTGGGTGAACTCCTTCTTgGTATAgCCACTGGCGGCCAGtTCGTAGTCG
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ATTAATTAATTAAATTCTTaAGCCTCcccagtggcaCtcGAgtgcaggGGCGtcGCAGgGGGatcAAGTGTGAAG
ATgggccccctcacgcccagctcatttaatccacttgcagctgagctgcgactgcggtttgagtcacacagcgag
tagcagtagTGCAgGCAGtGCTCTTTcATTTAATTTAAAATTATTTTCCgcctagggtacccctgccaccagcca
gcccccctcacccatttgcCaTgCACTTGcCTTAACGACTTTTTTATTTAAATACGTTTGTTGACATTGCGGACT
TGTTGGAgtgggcattgtgtcctccgttccgttccgttccgctccttccttaccagctatctaccccagcttttc
ctctttgtgaccgggcacacaaaaggagtgatgtaagccgagccttttgggatattgcattcatcgtaaaagtaa
ttatgcggcgcggcctacgatgatcctgccaatttccagtggcacttcaagtcaactttatgaaatttaatatta
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tatagtgaagaacatttaaacgtgcttttctactactataatagatacatcttaaagatttcttcattttctatc
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1350
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1725
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1875
1950
2025
2100
2175
2250
2325
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2550
2625
2700
2775
2850
2925
3000
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3150
3225
3300
3375
3450
3525
3600
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3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
5025
5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
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9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
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10575
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10725
10800
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10950
11025
11100
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11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
14775
14850
14925
15000
15075
15150
15225
15300
15375
15450
15525
15600
15675
15750
15825
15900
15975
16050
16125
16200
16275
16350
16425
16500
16575
16650
16725
16800
16875
16950
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17175
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17475
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18075
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18675
18750
18825
18900
18975
19050
19125
19200

Enhanced BLAT Score Card

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 Drosophila EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: Apc
        

     Reference Genome: D.melanogaster
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              D.melanogaster
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            19201
            1
            19201 0 32 
  
           
            614
            3376
            7950 0 
                 0 /
                 582
               
  
           
            192
            3390
            12195 3 
                 0 /
                 160
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.simulans
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            17995
            1
            19201 0  
  
           
            671
            6943
            7952 0 
                 13 /
                 658
               
  
           
            148
            3358
            11833 2 
                 7 /
                 141
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.sechellia
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            17926
            1
            19201 0  
  
           
            710
            6524
            7952 0 
                 11 /
                 699
               
  
           
            111
            3365
            3786 0 
                 5 /
                 106
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.yakuba
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            16436
            5
            19201 0  
  
           
            761
            6524
            7952 0 
                 33 /
                 728
               
  
           
            159
            3363
            4013 0 
                 9 /
                 150
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              D.erecta
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            16324
            13
            19201 0  
  
           
            716
            6823
            7952 0 
                 23 /
                 693
               
  
           
            189
            3335
            8523 0 
                 7 /
                 182
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.ananassae
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            6833
            395
            12565 0  
  
           
            1978
            13141
            18950 0 
                 1978 /
                 0
               
  
           
            380
            5833
            7459 0 
                 108 /
                 272
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.pseudoobscura
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            5962
            426
            12682 1  
  
           
            2341
            1341
            18633 15 
                 1757 /
                 573
               
  
           
            114
            11624
            18899 0 
                 85 /
                 18
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.persimilis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            5690
            604
            12685 1  
  
           
            1957
            5920
            18633 22 
                 1458 /
                 488
               
  
           
            105
            3367
            18899 0 
                 67 /
                 27
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              D.virilis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            4474
            736
            12273 0 436 
  
           
            1329
            6834
            18378 0 
                 273 /
                 55
               
  
           
            1004
            6988
            18378 0 
                 1 /
                 2
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.willistoni
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            4097
            439
            12308 0  
  
           
            744
            14035
            18977 0 
                 736 /
                 0
               
  
           
            354
            6979
            14258 0 
                 101 /
                 245
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.mojavensis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            4037
            725
            12274 0  
  
           
            781
            13991
            18955 0 
                 781 /
                 0
               
  
           
            445
            3365
            7673 0 
                 73 /
                 372
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.grimshawi
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            3478
            2161
            12273 0  
  
           
            1398
            6655
            11611 1 
                 104 /
                 1294
               
  
           
            953
            13991
            18926 0 
                 953 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
D.melanogaster Apc Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the D.melanogaster Apc reference sequence that are conserved in the D.simulans, D.sechellia, D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.virilis and D.mojavensis orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
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