Drosophila EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:
1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.
2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.
3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
 


  

    
	

	  D.melanogaster ara Genomic EvoPrint
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Black capital letters represent bases in the D.melanogaster ara reference sequence that are conserved in the D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.pseudoobscura, D.virilis  and D.grimshawi orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

    


(ORF orientation in 5' --> 3' direction)



 
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ara Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.pseudoobscura, D.virilis or D.grimshawi.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.


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TGTGAAAATCatGGTAATTTATtATTGACAGTcgcaGTAGTAggtaccagtcgtatttgtgattagttgccttct
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75
150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
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3150
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3300
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3450
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3600
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3975
4050
4125
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4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
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5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
14775
14850
14925
15000
15075
15150
15225
15300
15375
15450
15525
15600
15675
15750
15825
15900
15975
16050
16125
16200
16275
16350
16425
16500
16575
16650
16725
16800
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16950
17025
17100
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17250
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17925
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18075
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18225
18300
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18525
18600
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18750
18825
18900
18975
19050
19125
19200
19275
19350
19425
19500
19575
19650
19725
19800
19875
19950
20025
20100
20175
20250
20325
20400
20475
20550
20625
20700
20775
20850
20925
21000
21075
21150
21225
21300
21375
21450
21525
21600
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21750
21825
21900
21975
22050
22125
22200
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22350
22425
22500
22575
22650
22725
22800
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22950
23025
23100
23175
23250
23325
23400
23475
23550
23625
23700
23775
23850
23925
24000
24075
24150
24225
24300
24375
24450
24525
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24675
24750
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24900
24975
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25200
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25350
25425
25500
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25725
25800
25875
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26025
26100
26175
26250
26325
26400
26475


Enhanced BLAT Score Card

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 Drosophila EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile



  


 Gene Name: ara
        

     Reference Genome: D.melanogaster
    		





 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.




  

    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  

  

   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  

  

    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  




 
View test species eBLAT to identify gap(s).











  

    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  

  

    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2nd or 3rd eBLAT
    
  

  

    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  

  

    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1st, 2nd  and 3rd eBLATs
    
  

  

    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1st and 2nd eBLATs
    
  

  

    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1st and 3rd eBLATs
    
  









 

    

        
 
            
              D.melanogaster
              (Ref  Sequence)

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            26445
            1
            264450158 

  

           
            225
            21647
            218990
                 0 /
                 67
               

  

           
            171
            21666
            218570
                 0 /
                 13
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              D.sechellia

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            23524
            147
            264452161 

  

           
            220
            21647
            218910
                 1 /
                 57
               

  

           
            296
            21660
            227480
                 5 /
                 129
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              D.simulans

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            22809
            1
            264456173 

  

           
            318
            10161
            218912
                 1 /
                 144
               

  

           
            182
            21660
            218790
                 0 /
                 9
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              D.yakuba

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            20556
            1
            264450231 

  

           
            399
            21647
            226470
                 5 /
                 148
               

  

           
            347
            21660
            230100
                 5 /
                 96
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
  

  

    

        
 
            
              D.erecta

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            20330
            68
            264450162 

  

           
            222
            21647
            218910
                 6 /
                 53
               

  

           
            368
            21660
            230050
                 10 /
                 195
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              D.ananassae

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            11441
            545
            264450 

  

           
            413
            11523
            121550
                 0 /
                 413
               

  

           
            304
            12484
            132820
                 0 /
                 304
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              D.pseudoobscura

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            8656
            707
            264420142 

  

           
            179
            21672
            218880
                 9 /
                 18
               

  

           
            172
            21674
            218890
                 3 /
                 17
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              D.persimilis

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            8631
            650
            264421139 

  

           
            179
            21672
            218880
                 8 /
                 21
               

  

           
            351
            8027
            227465
                 116 /
                 85
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
  

  

    

        
 
            
              D.virilis

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            6052
            893
            26442037 

  

           
            213
            21638
            226470
                 5 /
                 118
               

  

           
            149
            22398
            227460
                 34 /
                 25
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              D.grimshawi

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            5331
            2618
            264421 

  

           
            544
            4404
            61991
                 6 /
                 538
               

  

           
            560
            8004
            227480
                 255 /
                 305
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              D.mojavensis

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            5268
            2617
            264450121 

  

           
            420
            14524
            224594
                 173 /
                 121
               

  

           
            330
            21647
            226460
                 67 /
                 137
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              D.willistoni

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            3810
            2933
            25310117 

  

           
            169
            22704
            228970
                 0 /
                 152
               

  

           
            337
            8028
            227451
                 272 /
                 48
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None