Drosophila EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  D.melanogaster argos Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the D.melanogaster argos reference sequence that are conserved in the D.sechellia, D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.pseudoobscura, D.willistoni, D.grimshawi  and D.virilis orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 3' --> 5' direction)


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argos Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except D.sechellia, D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.pseudoobscura, D.willistoni, D.grimshawi or D.virilis.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

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  75
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375
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1050
1125
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1275
1350
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2700
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3975
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4425
4500
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4650
4725
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4950
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5250
5325
5400
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5550
5625
5700
5775
5850
5925
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6150
6225
6300
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6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
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8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
14775
14850
14925
15000
15075
15150
15225
15300
15375
15450
15525
15600
15675
15750
15825
15900
15975
16050
16125
16200
16275
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16425
16500
16575
16650
16725
16800
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16950
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17100
17175
17250
17325
17400
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17700
17775
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17925
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18075
18150
18225
18300
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18525
18600
18675
18750
18825
18900
18975
19050
19125
19200
19275
19350
19425
19500
19575
19650
19725
19800
19875
19950
20025
20100
20175
20250
20325
20400
20475
20550
20625
20700
20775
20850
20925
21000
21075
21150
21225
21300
21375
21450
21525
21600
21675
21750
21825
21900
21975
22050
22125
22200
22275
22350
22425
22500
22575
22650
22725
22800
22875
22950
23025
23100
23175
23250
23325
23400
23475
23550
23625
23700
23775
23850
23925
24000
24075
24150
24225
24300
24375
24450
24525
24600
24675
24750
24825
24900
24975
25050
25125
25200
25275
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25425
25500
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25650
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25950
26025
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26175
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26550
26625
26700
26775
26850
26925
27000
27075
27150

Enhanced BLAT Score Card

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 Drosophila EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: argos
        

     Reference Genome: D.melanogaster
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              D.melanogaster
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            27093
            1
            27093 0 153 
  
           
            448
            12442
            21855 0 
                 0 /
                 295
               
  
           
            380
            12584
            21816 0 
                 0 /
                 227
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.sechellia
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            24327
            1
            27093 0 87 
  
           
            274
            12584
            21817 3 
                 18 /
                 101
               
  
           
            265
            12553
            21810 8 
                 25 /
                 85
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.simulans
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            24174
            1
            27093 3  
  
           
            119
            17259
            17381 1 
                 0 /
                 119
               
  
           
            269
            12318
            25225 1 
                 57 /
                 212
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.yakuba
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            22014
            1
            27093 0 127 
  
           
            602
            12751
            21817 0 
                 58 /
                 377
               
  
           
            208
            12752
            21817 3 
                 12 /
                 29
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              D.erecta
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            21528
            1
            27093 0 70 
  
           
            345
            12741
            21818 0 
                 29 /
                 189
               
  
           
            213
            8233
            21819 0 
                 10 /
                 76
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.ananassae
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            13955
            12
            27089 0 80 
  
           
            276
            12750
            24057 0 
                 85 /
                 65
               
  
           
            213
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                 10 /
                 77
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.pseudoobscura
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            11547
            139
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            354
            12749
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                 93 /
                 120
               
  
           
            196
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            21817 0 
                 17 /
                 38
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.persimilis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            10468
            501
            27093 2 19 
  
           
            199
            8233
            25773 38 
                 99 /
                 59
               
  
           
            196
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                 77 /
                 78
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              D.willistoni
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            7165
            607
            27089 0 47 
  
           
            435
            12586
            21816 0 
                 160 /
                 147
               
  
           
            266
            12751
            25184 0 
                 40 /
                 98
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.grimshawi
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            6660
            919
            27086 0 137 
  
           
            565
            12751
            21820 0 
                 205 /
                 165
               
  
           
            299
            12748
            25790 0 
                 76 /
                 28
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.virilis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            6493
            828
            27093 0 62 
  
           
            325
            8234
            25148 7 
                 113 /
                 74
               
  
           
            276
            8235
            21816 0 
                 81 /
                 57
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              D.mojavensis
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            5839
            919
            27092 1 54 
  
           
            616
            12759
            22437 12 
                 244 /
                 246
               
  
           
            408
            2392
            21802 25 
                 122 /
                 160
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
D.melanogaster argos Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the D.melanogaster argos reference sequence that are conserved in the D.sechellia, D.yakuba, D.erecta, D.ananassae, D.pseudoobscura, D.willistoni, D.grimshawi and D.virilis orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
Drosophila EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

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argos Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint (Back to Top)

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