Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:
1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.
2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.
3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
 


C.elegans cfi-1 locus Genomic EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans cfi-1 locus reference sequence that are conserved in the C.brenneri and C.briggsae orthologous DNAs.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

(ORF orientation in 3' --> 5' direction)
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cfi-1 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.brenneri or C.briggsae.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

attaaaattttcctccaaacttaccatgggatctctcgtcgtattccaaaccatctgaagtccctggaagctctc
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7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
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9075
9150
9225
9300
9375
9450
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9825
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10050
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10200
10275
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10575
10650
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Enhanced BLAT Score Card  (Back to Top)

 Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile

 Gene Name: cfi-1 locus
 Reference Genome: C.elegans
 Click on individual Species and Composite eBLATs to view eBLAT alignments.
Score =   Total number of aligning bases.
Start/End =   First and last aligning bases in reference sequence.
Ns =   # of Sequence gap(s).

  View test species eBLAT to identify gap(s).

R/D =   Sequence rearrangements and/or duplications.
  R =   Total # of aligning bases unique to the 2nd or 3rd eBLAT
  D =   Total # of common aligning bases
Red =   Common to 1st, 2nd and 3rd eBLATs
Brown =   Common to the 1st and 2nd eBLATs
Magenta =   Common to the 1st and 3rd eBLATs
  C.elegans (Ref Sequence)
  Score Start End Ns R/D
  15198 1 151980573 
  628 6033 107740 0 / 55
  623 6034 107760 0 / 50
  All Alignments 1st None

  C.brenneri
  Score Start End Ns R/D
  5056 171 15133259 
  4748 171 151333 290 / 4399
  196 242 120270 137 / 0
  All Alignments 1st None

  C.remanei
  Score Start End Ns R/D
  3840 172 151442 
  79 10115 102050 3 / 76
  164 1765 91410 99 / 65
  All Alignments 1st None

  C.briggsae
  Score Start End Ns R/D
  3373 172 140160 
  270 5479 123270 242 / 4
  173 1932 121120 149 / 0
  All Alignments 1st None

  P.pacificus
  Score Start End Ns R/D
  138 148 4288024 
  116 2077 112230 60 / 23
  98 256 81310 49 / 16
  All Alignments 1st None