Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:
1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.
2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.
3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
 


C.elegans egl-5 locus Genomic EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans egl-5 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.briggsae and C.brenneri orthologous DNAs.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

(ORF orientation in 5' --> 3' direction)
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12450
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12675
12750

egl-5 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei, C.briggsae or C.brenneri.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

gactgtgatggtgtaactgttgagaaaaaaaagaccgggtgtcagggaggtattaaagttgatttgcaattactg
agatgataaacctagttacaactaaatttaaataattattgcctttgcttcaattagaactccaacgaatcaaca
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Enhanced BLAT Score Card  (Back to Top)

 Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile

 Gene Name: egl-5 locus
 Reference Genome: C.elegans
 Click on individual Species and Composite eBLATs to view eBLAT alignments.
Score =   Total number of aligning bases.
Start/End =   First and last aligning bases in reference sequence.
Ns =   # of Sequence gap(s).

  View test species eBLAT to identify gap(s).

R/D =   Sequence rearrangements and/or duplications.
  R =   Total # of aligning bases unique to the 2nd or 3rd eBLAT
  D =   Total # of common aligning bases
Red =   Common to 1st, 2nd and 3rd eBLATs
Brown =   Common to the 1st and 2nd eBLATs
Magenta =   Common to the 1st and 3rd eBLATs
  C.elegans (Ref Sequence)
  Score Start End Ns R/D
  12746 1 127460626 
  1121 11264 126990 0 / 495
  750 11390 123750 0 / 124
  All Alignments 1st None

  C.remanei
  Score Start End Ns R/D
  1978 1599 108773 
  166 649 67860 131 / 35
  147 8133 96560 136 / 11
  All Alignments 1st None

  C.briggsae
  Score Start End Ns R/D
  1688 1675 10898016 
  207 4505 113020 159 / 16
  161 4510 75730 71 / 58
  All Alignments 1st None

  C.brenneri
  Score Start End Ns R/D
  1687 1628 108990 
  511 2886 57352 65 / 446
  117 9202 118340 95 / 22
  All Alignments 1st None

  P.pacificus
  Score Start End Ns R/D
  140 4894 86920 
  112 1561 95600 112 / 0
  105 8060 106450 105 / 0
  All Alignments 1st None