Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  C.elegans egl-8 locus Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the C.elegans egl-8 locus reference sequence that are conserved in the C.brenneri, C.briggsae  and C.remanei orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 5' --> 3' direction)


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egl-8 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.brenneri, C.briggsae or C.remanei.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

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3450
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4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
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5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
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6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
14775
14850
14925
15000
15075
15150
15225
15300
15375
15450
15525
15600
15675
15750
15825
15900
15975
16050
16125
16200
16275
16350
16425
16500
16575
16650
16725
16800
16875
16950
17025
17100
17175
17250
17325
17400
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17550
17625
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17925
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18075
18150
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18600
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18750
18825
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18975
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19125
19200
19275
19350
19425
19500
19575
19650
19725
19800
19875
19950
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20100
20175
20250
20325
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20475
20550
20625
20700
20775
20850
20925
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21075
21150
21225
21300
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21450
21525
21600
21675
21750
21825
21900
21975
22050
22125
22200
22275
22350
22425
22500
22575
22650
22725
22800
22875
22950
23025
23100
23175
23250
23325
23400
23475
23550
23625
23700
23775
23850
23925
24000
24075
24150
24225
24300
24375
24450
24525
24600
24675
24750
24825
24900
24975
25050
25125
25200
25275
25350
25425
25500
25575
25650
25725
25800
25875
25950
26025
26100
26175
26250
26325
26400
26475
26550
26625
26700
26775
26850
26925
27000
27075
27150
27225
27300
27375
27450
27525
27600
27675
27750
27825
27900
27975
28050

Enhanced BLAT Score Card

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 Nematode EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: egl-8 locus
        

     Reference Genome: C.elegans
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              C.elegans
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            28020
            1
            28020 0 2121 
  
           
            3146
            3297
            17751 0 
                 0 /
                 1025
               
  
           
            4058
            2728
            25424 0 
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                 1937
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.brenneri
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            5338
            690
            27828 0  
  
           
            4629
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            27828 1 
                 921 /
C.elegans egl-8 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the C.elegans egl-8 locus reference sequence that are conserved in the C.brenneri, C.briggsae and C.remanei orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

C.elegans egl-8 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans egl-8 locus reference sequence that are conserved in the C.brenneri, C.briggsae and C.remanei orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

egl-8 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.brenneri, C.briggsae or C.remanei.Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

Enhanced BLAT Score Card (Back to Top)

Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile
