Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  C.elegans egl-9 locus Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the C.elegans egl-9 locus reference sequence that are conserved in the C.briggsae  and C.remanei orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 5' --> 3' direction)


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egl-9 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.briggsae or C.remanei.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

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GACGTTCTCGTGCAATGCTTGCCATCTATCCTGGaAATGGaACTCGtTATGTGAAgCATGTaGATAATCCgGTAA
AAGATGGAAGATGTATaacCACTATtTATTACTGTAATGAAAAtTGGGATATGgCaACTGATGGtGGtACTCTCA
GATTaTATCCAGAGACtTCaATGACTCCAATGGATATTGATCCAAGGGCtGATCGTCTgGTATTCTTCTGGTCcG
ATCGTcGcAAtCCtCATGAAGTCATGCCAGTCTTCCGTCATcGtTTcGCaATtACTATTTGGTATATGGATAAAT
CCGAaAGAGAtaaggcttTGGCAAAAGGAAAAGAGtCAGATGCGgcaTGTGCtTCAAAGAAAGAGAATGATCCAA
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ctcaacgtacagcctatcacttgtaggggttacctgtaaagtgatttacaaagactgattaagaaaattccagca
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ACAGTGACAGAAGATTATGCTAAAAgagtcgctcatgaggtgaggctttgcattttagtttctgggtaaaaaata
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AAcgtatctgttaAAATGAgctgTTTCAGATcGGTTGTCACAAATTcTaTTCaTGTTCTGCGCTGACgCACAAAG
GCTTAAAACGTGTATTTGATGAAAGCTTcCTGGCtGCTGTAGGTGTaAAATTAGAAGAAGAAaccCCaAATCCtT
GTTGTAcAATACTTTGAAAGATCTTcatctcgTTcAGTATTCTACTTACTATgTGTACATtGCTCACcCATTTTC
CTAGTCCAAATCGATTCCGTTaTTCTcTgAATTCCCACCAAATTGcACaCTCAGCTTTAtCcATTTTTTTTCCTG
TTTTTCcCATTgaagtctgtcaTGATCATATCAATTtctGTTCAATtAATGacagaaaacaataaaatttaaaat
cgttgTTCAGACTAGTcGAaTacACCCGCTACTgACAACAAAtATGATAatttAAAGTGAGAGAGAGATGAGCAT
TTTGGAATGGGATCACACATAACAAGGCACAAAGATTGAAGAAtGAGATTAAAATGtgaaacattttgtaaacgc
atcaaatcgaaaagcttatgtctaatatagatcaagtatgaagagaacacaattgataaaaataaaaatttaaaa
attctttgaagatcgaaaaaaaAATAAATTAAGATCCTCGTTGATCAATCAGcTGgTCAAGTTCGTATGCAGTTT
TtTCCACTTTTTCAGCCGCaTCTcgaAgACTTTCTTTACGTTTTGaATgtAAcTTCTCTGtTTCTTCTTCTTTTT
tatCTTTATCTTCTGGAGTTTCTTCTTCgATtAGTTTCAGCCCtCgaGCCCAGTACCAgACCCAAACATCcGAGA
TGAGtGAGAAaATTCGAAGGCATCCATAaATGACGTGCAGTCTGAAcaTTTtctaataagctcttttatgtaact
tgaaatGGAAAATTAACaAACCTGACTCTTAACTCATCAGTGTCgTAAACaGAgCATGATCCTGATGAATCGCAC
GATTTTTTCCAAAGAAGACACGACATATCtATtATTTTTCCCCAGATGATtGGAGAcGGtAGcGTTGCCAaAAGA
CTGACCAAaAATCCGTTGAAacctaatGAGACACTaCGATGCTCCGGTGGtACTGCTCTCAatACAATCAACATT
CCAGGcACCACACCtAGTCCtCCAAAaACTGCgCCAAATGCTTGATGCATAAAGAAgCGACCaAATCTTTCTTCA
CATTCcTCTGAAAatgctataccttttgaacgtactgaaatgttacagggaatatcagtcctcaaaaactcagtc
cggactaatATGaAAAAaAAcACAtACCAGTTCTACAaTAtGATCTGCTGACTTCTTTgACcTTATTaTCaACAC
ATGCACAGTTTTCaaaa
  75
150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
900
975
1050
1125
1200
1275
1350
1425
1500
1575
1650
1725
1800
1875
1950
2025
2100
2175
2250
2325
2400
2475
2550
2625
2700
2775
2850
2925
3000
3075
3150
3225
3300
3375
3450
3525
3600
3675
3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
5025
5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
14775
14850
14925
15000
15075
15150
15225
15300
15375
15450
15525
15600
15675
15750
15825
15900
15975
16050
16125
16200
16275
16350
16425
16500
16575
16650
16725
16800
16875
16950
17025
17100
17175
17250
17325
17400
17475
17550
17625
17700
17775
17850
17925
18000
18075
18150
18225
18300
18375
18450
18525
18600

Enhanced BLAT Score Card

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 Nematode EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: egl-9 locus
        

     Reference Genome: C.elegans
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              C.elegans
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            18542
            1
            18542 0 93 
  
           
            169
            2594
            14357 0 
                 0 /
                 76
               
  
           
            106
            2594
            4986 0 
                 0 /
                 13
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.brenneri
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            6640
            1
            18542 2  
  
           
            2959
            3158
            10894 0 
                 486 /
                 2473
               
  
           
            2337
            12921
            18542 2 
                 181 /
                 2156
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.briggsae
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            5468
            5
            18538 0 13 
  
           
            189
            5805
            16086 0 
                 93 /
                 40
               
  
           
            167
            4308
            16086 0 
                 70 /
                 41
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.remanei
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            5163
            5
            18388 0 38 
  
           
            98
            2789
            4986 0 
                 45 /
                 11
               
  
           
            100
            4924
            15922 0 
                 54 /
                 4
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              P.pacificus
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            127
            2701
            14599 0  
  
           
            118
            3788
            10963 0 
                 107 /
                 0
               
  
           
            109
            4376
            16728 0 
                 98 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
C.elegans egl-9 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the C.elegans egl-9 locus reference sequence that are conserved in the C.briggsae and C.remanei orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

C.elegans egl-9 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans egl-9 locus reference sequence that are conserved in the C.briggsae and C.remanei orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

egl-9 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.briggsae or C.remanei.Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

Enhanced BLAT Score Card (Back to Top)

Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile

Black capital letters represent bases in the C.elegans egl-9 locus reference sequence that are conserved in the C.briggsae and C.remanei orthologous DNAs.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.briggsae or C.remanei.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
