Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:
1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.
2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.
3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
 


C.elegans egl-9 locus Genomic EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans egl-9 locus reference sequence that are conserved in the C.briggsae and C.remanei orthologous DNAs.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

(ORF orientation in 5' --> 3' direction)
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egl-9 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.briggsae or C.remanei.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

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GagtggggaaaaatgaAACAaAGACAGGTGTTGCgAATGAGCCcagccaatgataTGTGTTaTGTGATCTTTGCA
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GAAACAGAAGGtggATCAAAacCaAcggTatCcAGaACaCGgAAACGACCAACtCCtTCtAACTCcGCTGACCCA
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GATTaTATCCAGAGACtTCaATGACTCCAATGGATATTGATCCAAGGGCtGATCGTCTgGTATTCTTCTGGTCcG
ATCGTcGcAAtCCtCATGAAGTCATGCCAGTCTTCCGTCATcGtTTcGCaATtACTATTTGGTATATGGATAAAT
CCGAaAGAGAtaaggcttTGGCAAAAGGAAAAGAGtCAGATGCGgcaTGTGCtTCAAAGAAAGAGAATGATCCAA
CaAGCTCTtcactaaattcccttattggatcacttttgagaccacggaaaaaTCCAAGtACTCACGAtttatCAA
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150
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18600

Enhanced BLAT Score Card  (Back to Top)

 Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile

 Gene Name: egl-9 locus
 Reference Genome: C.elegans
 Click on individual Species and Composite eBLATs to view eBLAT alignments.
Score =   Total number of aligning bases.
Start/End =   First and last aligning bases in reference sequence.
Ns =   # of Sequence gap(s).

  View test species eBLAT to identify gap(s).

R/D =   Sequence rearrangements and/or duplications.
  R =   Total # of aligning bases unique to the 2nd or 3rd eBLAT
  D =   Total # of common aligning bases
Red =   Common to 1st, 2nd and 3rd eBLATs
Brown =   Common to the 1st and 2nd eBLATs
Magenta =   Common to the 1st and 3rd eBLATs
  C.elegans (Ref Sequence)
  Score Start End Ns R/D
  18542 1 18542093 
  169 2594 143570 0 / 76
  106 2594 49860 0 / 13
  All Alignments 1st None

  C.brenneri
  Score Start End Ns R/D
  6640 1 185422 
  2959 3158 108940 486 / 2473
  2337 12921 185422 181 / 2156
  All Alignments 1st None

  C.briggsae
  Score Start End Ns R/D
  5468 5 18538013 
  189 5805 160860 93 / 40
  167 4308 160860 70 / 41
  All Alignments 1st None

  C.remanei
  Score Start End Ns R/D
  5163 5 18388038 
  98 2789 49860 45 / 11
  100 4924 159220 54 / 4
  All Alignments 1st None

  P.pacificus
  Score Start End Ns R/D
  127 2701 145990 
  118 3788 109630 107 / 0
  109 4376 167280 98 / 0
  All Alignments 1st None