Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  C.elegans ham-2 locus Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the C.elegans ham-2 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri  and C.briggsae orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 5' --> 3' direction)


 cacggaaagcattagtaacggaacacaccctcaaaaaagtaagagatcatcttaaggagcaaccaactctgcagg
aggaagaaaattcacctaatgctgttgagtagagtggaagttatttccggcgtctgtcacgagcatattccccct
tgatcgtaaaagttatgagttggcagtgccatgtgtggttggcgaagcttaaagcttttgttcacgtaaactgaa
tttttgggaatcttgaaaaatctgaaaaacttagaatgaaattactaaaaactactcaatggagattccctgttt
gttgtaaaagcagaccaatcgagacaaaaaaaactttatccggcgcgccgacgacgccgacgtGATGTcAGATGG
TAATCgTGCATTAGCTGCCCTCGTGATTccCTCcgacCCCCTTGTtcgatcggttagacaactttgaatAtAAAA
AAcATggtaagatagaaaggaagaggacaactcccacttgtcgatggtagtgttgttttgcttgaggaacgaaga
agacgatcgctgTCtACTgCTGcCAACTTCCTTAGacggtTTGCACTagTGAAGGACATaTAGCAAttttcggtt
GAAGCAACTCccgtcgcttggagagtcttagtccgGctgGccggcggcggcgctgcgccccccgGTGGCGTAACA
TTCCGGTTTTCAAaaTTTTCGcGAACAACGATGTCAACGGcTATCACATTGTCCATCAACACGTCTGCGAgTCTT
cgGGCAATGTTATCTTTGTAAGGAATACAAAATGGTAAAAACCTGAAATTGAaaAGATTTTCGgTcGCGCACATG
ACACATGCTAAACAccATCAGCTGAttttcAatTcTACcGTTTACTTtggAGTTtAGCTAattacgaaatctctt
ttttggtaataaacaatatctttttgatctttttcactgtagattttcgaacaaatacttatttctcaatcatta
caaacggagtaagtgtgattttttatatttttttagggacataatgtattttttctattagtgcttattgctcaa
atttggctgttcataactcggatgtattcagttctaatacaaatttgtcaattgcaaaaataatgtttacttctt
ttttctatagttttgattgcatatcgatatgttcaaaattaaccagtctttcaccaggaagcaacataggactaa
tagaaaaaatacggtatatagtggcagtctaaactgatgctttatgtacttttaactttcattctaacttggtga
ttctaaaaaaacgacagacatagttgactcagttcccgtaaagatctgtctgatcacctctcggcttgtttcatt
ctcgcatccatatctgttcataccagctgatcagcggctgagagagaaaacgacgccacaggagatGTCGCCGaC
GcaaggGAAGAtacccccgGCGGCAGCCGGCGGGCACATTGGCTAATTGCGCAACgATCGCAAGGTCGATCACAC
TTTcCcAATtCcAAATGACCGTAAAATGCGCCAAtCTActctgagATGTTGcaaaacacaatggaatgagagggg
aaaAAAgAGATAAGCTCttacccaccagtagttaaacttaatggtGTTGtggtttgaacatgtaatgaccattaa
aaaaggtgacggtattagtggaggtctactaaatatgtaatgtatcaaaatgtttttctgttctattcattttca
aaaatcatatcctgcatatcattcaaattcggaaaaatcaaatctgttgttgtcctttgctccctacatttttga
aacaatagtagttttatgacgtttaaaaattcccattatttgatgattcattttggttatctggttattcattct
cacaaaattgttgtgtgtcagtttttccgcatttcagtcgccgcaataaattcacagaaaaaaataagtccgatt
tttttgtcttacagtatagaatatctgcattttcattaggttgatttgtggtaatttatagaaaacgaaaaatta
atttttcttactcattcgttaatgacatcgtagctcaatcaattcattgtaattttataaatatcaaaattgttt
ctgttgaattaatagtgacgaacaacctgtggaacaataattttttagaagtaataaatcaaaaaaaaaattctt
acagttttattttctaattatgtttataatattcatattccaacattgcaaaggttcgaacatgcgacagtgctt
tagcttattcgaaaaatggcaaaaactcagatattgtcatcttctgactagaagtaaaatactttcaaataaact
tttgaaaattttattatgatatgtggtcattttaacaccttataaaaatttttaatcatttccccaccagctgta
cccacactctccaattttcacttcatattcaaaaccgtattcaaaagtattcaaaaaattcaacccacatcgcca
ggtgtgttcaaattttaacattcgttgttctccaacccctacagccaccagactatgcgcgaactgttcgaatac
gacaattattttttcactttgctacaaaatgtccaaaggtgcccccatcttgcttggggtttcaatctcgattgg
ggccgcccctgtaagactCTTcccTTTTTCtatctcgcagTtCTTACGTAACCGCcTtgCATTTCgtcgCgcctg
ccctgtccgcaaaaaCGATTAgAACGATTAGCTTGcCGTTTGACCTAAAAAAAaatCAttcaagtagctgctggc
tcgtcgttccttctcgtcattacgtaacttttcaatttactatggtataagaagtctttcagaggttttgataaa
agttgaactacggccagtggaaaattattaaaaacaatggcgcaaaaataatcaagctttaaaaaaaaatttgga
aacatttttattctgagtctgaactcactcacaaaaaaaattttaataagctttttttgtttaaaattgtgttca
aaatatgcatacttcaacattttagaggttcaaacatgcaaactcagttttctccgcttttcgactctaaatatt
attaaatattgcaaaagtttcattatgatacttagacgttttagcacaaaaggcgtggttttgaaccatttcact
aagtccaaaaactaaaaatcgcaacaattgtaatatgctaatacatatatgaataggagcattctctatttgaat
gtctaattgatgcaaatatgtggaccataaaagtatgttcctaggttcttcaaacattctttccaatacctgtta
gtcctgctaaaattgaaaacttctaaaaaatgttcatttccatttcccttttttctcatatgttcctcctacttg
cccacctagacctctTGTCActTTGCGTTCACCTGTCTGtCttttGATgTAgTATATgGAACaGTTTTCTTATCC
attCgctatatctccattaccTTACTcgcctcttgtTTCtTTTcTcTCgGAGatATATACCAGATAgacatttgg
cggGAAAAGgcaAGATGTGCTATGATAGCTACTGATTATGTAGCCGTcAAGAAAAGGAACGCGaCCTGTACGcgg
gaggaggtGAATCCTTATTATACGAGCGCCTggacacACGGCCAAGGCCAATCcCTgTTCgTGCCGAGAATCTca
acggggtaagattcacactcttatccgtcaccgctctacaattactgtagttgctgcggcgtgtgtaggcccaaa
aaaataatacagatagatagaaactcaacagtcatactcaacattttcaaAATTTTGgtagtGTGTGCCCAATTA
AAATAGCACATtGAATagAgaTAGTTGAACTTGTTGATGCGGATCGAgAAAACCGGCCTCAAAgCaTTGTgTGAT
TATGGGGTCGAATGGCAGtcagaagagagggggagcgggaGCgaGAgAgAGAcAAAAATTCgAATATAATAgCGA
TGTTGGATAGTTTATTCTAGCATTGCGCAACCCGAATCAATTTTacAAAACTGGTTTTGTTGTggtcgtccaata
agaAAAaAGAACACGAGAATCgAAGATgCGCgcaATCCTCaACTCAAGCAATCATGctGtctatggtttgagggc
ttttttggtgtatccctcgcgtcattctatttttttttgggtcagccgtgtttggtagaagtttcccaactgtta
ttcgcttgtgttctatactaaaaaaaagcttgaacagcttgcccacatctgttcctaagagcatcgtgcttctat
ctaagactcgcttccaacttttttttttcaaaattgagaaagctaatcaactcgcaattgctagccaaaattgtt
gccACTtACTATCcCgactgtGCTTGaTgcCATTCccCTCACCccgtgcgtCCCgtCGCtcACTATCTCTattct
GCATGGTATGCCCCGCCTCcaaaaaTCGGGTAGGCGGGgGGAGTCATAGCCTTCAGCTCGttcttgcactaCTGC
TTGcCATTTtgttagtccaagagcacaGGTCAccggatTACTGTAgTattcattttaagattgCAGAAGCcgtgt
gacaaatttcgattttgaatgttctgttattttctcacTTCCtCCTCTCGAGCACtcTTACcTTCccCGCcaTAC
TTGAGCTACtGTAatgCATTGTcCAaTcGcTGCTATGTATGCTttTTCGCTACTTttaaacAGTATCAAgtgagg
gtGTAAATACCtggttGGTGTCAGCCggCGACGACCTTCTTgtctccggaGAGAAGAGCtGCgTCTGAATAcCtT
TTCGAGTGTTGTACGCaAAacTTTTCAAGTAGtGGaGGtctTGGTAGCCcaTCcTaCTTGTtCatctatgagcgc
tctTtCATTCaaactgtccaccgtttttttcttcttccttgttagtgtttcctttcaaattcgattttgtgaaaa
tttcagcaccattttctaaaagcttcatcaaataacaaaaacatttttagacaatgccctatcgtgcagagctaa
aacgtcccgatttgAAAGGcTCatTTCCCTGCTCgATtTgccaaAAAGTaTTCTGccacagttcgtctctgagtc
gtcaccggatgcaggctcactttAAAAGcTAcAccTGTACcACtTGCAACaAcGAaATTCCAAGTAAGTttgaaa
atgcaagtttgagaaaaaaaagagaaatagaTGAATCAGagTAGCAGGAGCTTGACTAACAATAGgggagaaaga
gcgAAACaAtTTATgccgcTATTgATgttttcacagttttgtatcatgttttatcatatgataataagaaaaaag
agagggaaacttaactcgagaacatagctattgttgaattgtacggaacttattctattgaaaatttaaaattga
tctaaaaatctaaaaataaaaaattatgggttctaggtgatgtttaactttctaatttattttttcaaaattgaa
ttaaaattctgaacgaatgttctatttcctgctgcatttagtttctgtcttctaccagtttattgcatttctaca
tttttctaatctccctcccaatacatttatttgatcggaagtctccataatctgaAATGCGCGAAAgctcagtgg
cattgTTTACTgAcAAGCTTAAactcaactcacacCCtCCGATTAGCACgtggCTATATTGGGCAtGTGTCAAAC
AaggttgatacagtctccttctttccgccAAAAAATTAcATTgGtTaTCtAAATATTGACACCctttccaACTAc
TACTGTATTCTTAATTGTAGaCaTcTATATGGCAtGGcAAACTgAatgagGaggtGtGCAAAtaccgagaTAGCT
CCGAcTGTCAATTAgGAgtatctatttagtaatatctgttaagcttttaaaacaaccatgtgcacttttggacta
gtagcaaaaagtttaaaggtggagtagtgccagtggggaaatggttaacatccacttatatagagccaaaatgac
caacattattgacagtcaaaaagtggcaataactgtgttcttgccacttttcgagaaaactatagcaatgccgca
tgttcggatctctacaatgtttgaatatttatatttgaaaaatatgtaggcgactgtttatcgacgactttcaaa
aaagtaattaccaattttaaaaacaaaattaaaaatttcaaaaaatttttgtagcgtcgtttggcaaattcggcg
ttattttttttcaatttcccactggagcgtctccagctataatggaaagcagtatcatgtattaaataataacaa
attgactctaatatttgtgcaagaatcttttgaaAAgACACCTctgaCCATATTACgccacaGTTTtacaataac
acgtctgCTATTTGcattgtCTAATTGCCCCATCTttccaTCCCGAGCGGCTTCCTaagagagcgAGAGGCATAA
ATAAcCGACGGTATGTATGTATTACTTAATGGTTTCTTTTCTtGGAAtggAAggtaGGATGAACCTCCAAGGTCA
GTCATTTgATGACCATCCaTCAGCTAATTGTTGGCACGcCActgtcgCTAAGTGAGCTTGAGagcgaagaatagg
gccagcgcgcgggcaaagtaaaaaAAAAAccAccgATTGTCTTCtTtccccatctTCCGCAACAAAAATTGCAac
ctcttctttttctaccacctttccaacattacAATTtATTGGTTGTTCactcgcCGTCAATCATtTgTTACGGTT
CGctGAGCATGgGGGTCGTTCAAGAAACTTTCggccaaagcacccagcttttttcacaccttacttcaccgctcg
cctatacgtggaatccatacGGCgGcATGTTAGCaggcaGATcAACaGGATTTGTTATaTTACTCgTGCGCAATc
cAACAATAAGCGGATCAaCCaGTaGAATAcCGAAACATAACAtGAaaAtGTTTTACAGCCTGACCcctgcgtttg
tcgtttttttttgtgttactGCTTTGTCGGtaggcaagatccgctattctatagattttctatagtgcgtatttt
caaattcagacaaacatgcAAATgAGGGgggtcgtcgtagaaCATTcGTCACATTGGCaCCTAACATGCCTTTAC
GGgcgcgcgtataGTGTccCaaTGTTGCGAatttCAtTTGATTGATAGACagttaGGCTCGgTGGCACAAAGAAt
gGCAATTAAGtGGAATATGGAAATagcaatgcagttggggtTGgCAAAtagccatttacatgttactttcgacaa
atatttagatcattgagacatgaattcaaaagctggagaagggttcaaatagtatttgATAATTACCATAAtAAA
ATgagtgcgaaATGAGccggcactgctctcactgttcagtcattaggaaaccttaagaaacaattttgcaggCAA
cGatACACTaCGcAGtCAcATGTAtCGaGTaCACAACATtACCcGAATGTTtATGTGtcGgTGTTGcAAtTGGGC
TTTTCCcGACAAaACAAGtCTtCAcATcCATATGCAgAGtATGCTGAAaAAtgggacaccgggggaagcggctgt
tttagctaagagttcagatggtaaagatctacccacaaattttgaaatccattaatacaaatttgcagttgtaga
tagcacatccgagtcgggctccccgcgtcagtctccacccttctcgcctgatttgttgatgcaaaagcgtatgtt
aCAAgttGCTGCaAACAAtAACAACATtGGATCcATTTTCCCgacactgctcaaaagccccgactccaaatcgat
gTTccCccTGGAtCTtTCtAAcATGGGTCcttcacagttccTcTCaGCgTGGCTtGCcAACAAtCCcatcaacac
ggcggccCTTAatCTgGCagcgCAaCAAACaCCgTCCAAagtacgttacaactctttgatgttttgaattcaaat
gtattacatTTTAAGGATTCcaTCcAGTCttCtAAtATtAGCGATTATGACGAcTTaGAAGTGCAgACaACTGAa
GAAGAcaTcAAaTTTGAAGTGGAaAGCAgtGAtGTCAGcCCTCGgTCagtcaTTgTcAAgactGAACCaactttc
aaAAGAgAAcTGGAACAcGAtGCTGATATTGATGTGGAaGGcgatgatgtaaggaaaacttattgaaattttgag
gaaaatttgtttttcaccccattaaactttaatatgtcatattatgaaactttcaaaattttcagggcgaaccac
cattgaaaatgacgattgatgacaaaaacatccacatttcccatgatcagccttctccaacggtttcggattctc
acatcagtggtggatcgTCtAGtCAtTCgGgcgaaagtttgAAAtgcTTtGATTGTCAGGTtaggaagttgtctt
aaatggttttgaattataatttaaaatatgaaaaaaaaaaataaaaaaccatccattttgcgagcgctatgtgaa
gagaatctgggaattaggtacagtacttctggtgatatgattagtctttaggttaagtttgataatccagtcatg
gactgctccactttcaagttcacgctaggtttcagctggttaaaatctcagggtcctatagcaaaacgggtgctt
tcaattgtgatgataaatttatgaaaacggattcgaggttttttgacacactcgattccaaatatcacaaaaaat
tttcctgaagaattgtatgtattccaatgcttcacaaatttaggggtgtcctacaagaagcgcgcgcactgtaaa
aactcgtgacctgtagttcttcagcggccaccactaccgactgagttatcccccacccactgatatttttaataa
tttacataagtttatgatgtttcaggtagccagagggaagcttgttgcagttgaggacaaatgtcgtgcctatga
aaagaccattagagagttgcaagttcaagtggatttcctccgcaaaattcaaccgaatccgatgccacccgtgat
gctgcctcctccgatgatgcctatgccatctccagggccgaacaatctatttcaaaatcctgcgatgagaatgtt
gttgaacaatttgattcacatgaaccgtccctcagtggttccctagatccaaacgatttcaatttctttatttcc
gattttgatggtgtcatcaaatctagttgaaccacgtagtcattttcattccttgtttctaatcagcattttgag
ccattgaaatacaacaatcctttgagcaatttccgaaatactctgaatcaaagaaccaacagcttttaaagcggt
tttggttggcttttaaactaattgtcgtttatATCttTGTACATAATgcctattctcgtagctacttcttatctt
tgcatccaaatatttcaaacttccaaaaaaaatcagagtgctctcattcctgacaattgtaTTTACcGCAATCtT
AGAAACTGGTGGACAttttCCAAAcAAtCcGAATCtACTTTACTTtttTGTTGCAATAGCTTCAAtaaAACGTAG
CCTTAAAtgCACTCAgcgATTtaccTAGAAcgTCcTttacattacttcattgttctaaatgtttccttttttatt
tcttctggtccttttcttgacttttatagcattacccttttttcccgccttgactttttccttccctcaatgatt
tcatttcattataTTTGTGATAAATAaTtTTcaaagttcaaaatgcaggaagtaataagccatacaaaaaactag
caaaaacgaaactctcacaagatgatgttatcctcgcataaaacatcattttgtttgaatgcaaaactgaacccg
tttcagagggtaatgtgctttcaggtgaagcgatgtgaaaattcatttttaccttttcgacccactagacgtcac
aatcagcatagtgaaaggttgagcatgattcatttctgatttcttcctgatgtactcagtcgattgtctaaaact
tcagcttcaagaaatttcgtactagttgattccctttttgcagctttcgttttcttacatcaaaacgaaaaattg
ctagatgaaatacttacgaacttgtgtttggcttcaattgttattcaaaatttctcaggagtgtatttaaagtat
tctaaaaccatataaaactccaaaaatagtcaaatctatgttattgcagaatagatgcttaaaatatttctcgaa
aatgaattaatatttagataattttttgtgactctcccttgtccattttatgttttgaacatttagtatttttgt
atcaccagctgctgcaagtcaattcacacaggttagaatgttgcgatatattgaaatttcctatatctggtactc
cattttaaggatgtaaaaattcagatattgcaatactttttaaaaattgtagaaatttttaatgtgcatccaaaa
agtggtacccctaattttggaagtcagctagaaacgtttttcctaccatttttatatttcaaccttttttgattg
tttgtatcataacaatataaggattcaaaactacgtctagcagttttttttcacttattattttgaaagtctacc
gaaatattgtgcatttttctgaagctgtttaaaagttcacatggttttactcatttatagttgaagatttttttt
tcgttttactaaacgaggcaaccacttttcaaaattatgtgaaactgatcttaagctattgaaaacggagtagtg
tcttttgagattttgtttcaaatcgggcgtatgatgcgaattttaaaatttgtcgagctctgcaaatttgacaaa
tctttttttccaatatcagcaaactcggcaatttcagcaaatttgatttgcggagcaaattcagaaaaatataat
gattttttgccattttttggagcacccaaattactgaagtcacggatttgatagcacggatttgattttttggtg
aggtccgtttggtctgccagcatgagaaagtaactcaatgctatgctattttactagagtttttaaaacaaaatc
aatagtttaagtcaaaattggttcgcccaatttttgatgtgtgcggcaaatttgtaaatttggtgacctcggcaa
ttttggcacatccacttttctgaaacttgccgtgctcggcaagtatggcaaaattgctgcacatccctgcttcaa
acaatataaaatgtaccgttatgactgggagctgttgagaatttcgtaaaacgtactttgttattattactttta
aattcccgctcaaatgctgcatggcatcgttttggttttttttctgcaaaaaaacttatgaactgatattcatac
tttaagaaaatttcaatttttaacatttaatttatcctaattagtttggaattagatttaatttgcattctccgt
tttatttaaatttaggcttttcactgaaccatgattaatagtcaaaaacaaacactattgaaaatcgagggcttt
tgtttttgaaatttaataaaaatggtgtttttcgaccgatcgcagcccattgtctgtgtggtctttttcattcag
atagcattttcaaagcagaaaagtgaatgtgttaacgctaattataattttcgtttttttcctctttttcaaaca
tctggaaataacattctccggcatttgaaattgaaattctgggtgtttaatgtctagtcaagaagtctagcattt
acgcaataacgtaaaagcattcaaacccgcgtgcaggtgccatttttaacatttagagttttttttggttcggta
acaatcatttgactaaccaatgagtcttttaaattccgaaaaaaaatcagtgcacttaatttcaatacgtccaaa
gtctgcctgattcgggagccgtagtgtttttgcaataaacaggtgaaaacgatgtggcacagcgcgatggtgacg
acaacataaactgggtaggcggcgcttggaaacgccttctgttctagtctgacccacacgtgagagatgatattg
agactactcttccttctctagtggtatagcaaaaaaaactattccttctttttttactttttatcgtaccggttt
cccagctctgaaagttcaatgctcagtttgttgatcaaacaaagcctgaaaaaatctacttttttccgagaattt
ttagatttaaaatttttttctttgcattgttttgttttgtcgaattaattttcaagtacgtaagtacgtatgatt
ccaagaatagaataatataaattgaaaaccaagctttacttttttccttgttattatctagttattacttgcatt
ttcacctcaaaaacaggctactaattaccatttcgattgtaggtcccttgagagcgtatgaatcgaggtctcctt
tacattattctcacattattttagttgacccacttttttttcgtgtgtgctgttatccacgtttttctttgttac
acatttcccatttttcatttccagaaacaaacgagggcccccttgtgtctgaaaatgttggcgaatttcaaaact
gcctatctttctctgttggttttgattttggttctcatcagtttaacagatgctcatgcttcaagctggaaatca
attttaaattctgataagagaatggtaagtttttcttaaaattttagtaggttcttaatggttctcttttaggaa
acaaaacaacattcattggaatctatatttcgagtgaggcggacctacatagacgaaaatgaggtaggattcttt
gaaacagtgacgaaacatttttcatgggttagggttaaaatcacctgctttgttgacttgaccagatatcacgct
gctaaaacatctgagaatttcaaattgaatgaacaaacaatgtttgcagaactgcggctcgcacgagttggagat
ggtgcacacgataatggacagaatatgcatgctctgccacgagctgcgatcacatttcgcaccgaacacgcgggt
cgaatgtcgcaaggactgttttcagaacgacacgtttcaatcatgcatgaaaatattttcgagagtaccgtcgag
acctgttcaacagccggagccaactgctcccattcctttgtatactgaaaatgtgcaaactttggacgatttcaa
agagcggcgtagacggttgtgaaggcttttattcaagtcttaatttgataagtatttattttgattttccatgaa
atttgtttttaaacgtttctttttttgtttgaactgcactacacaccttggggaaaaattcaatttatttcactc
ttaaaaaactaggtataataagtctaaatcaagcttgcttttcttattttttgtatcttttttttgtcttttcaa
tcgcctattatcattctacaaaaggttgtgacggacattttctcatcttatgaatactggattactggaataaat
aatgatttatattgtttttccgtgcttctacataaaagatgagcttataatatattttgaagcatcatgcttacc
taagcagaatgatttttttttgaacaggtggttttagttctggctaaggtagcgtgttattaatagtgaaaacac
tcaagcagttaaagttttcaactaaattttcaattgtagacatggcattttgcaagcgccaaagtgtacctattt
ttaagtttcaggcaaccgggaagtttgcacgtatgagcaatgtttgtcagaaactgtgggttgatcacgcagatg
tttccatttgtatcacaaaaaaaagaggtggcggaatattagataagaaatttaaaaaaaaattaattcccagaa
tagaaaaccagtaaagtgtaacaaaacggaagttcgaaaatatatgacgtatgtgtgaaaaactcaggaaaacaa
ttttaattaatttttttttaatttctgacactttttaatttaatttctgacacttagatttttacaaaacacatt
atccgtcaagaatctgtttatcaaaatgtcattgtcgataacctcttttcgtaaatacctaatctcaaaactgtg
atatatagtagcaaatgacgtatcacattctgtctcctacaataataaacatataataatgaaacgtagaaaatg
aactgggtacaaaattggatttttcatgtaattatacaaacaaaatattttttccttcagcgcgtcataaggaaa
actatagacagaacgctttttgtcggtttgtgggataattagaagaaacaagacagaacgacaaaatgtgattgt
ttatgtagattttaaagattggttaattttttgttttgtatcaaataaaaacaagaaaatgtaggagggggcttg
aatttataaaaacctgatattagatttttaaaaaattgaaatcatgtcttgaaaatatatttaaaaagtgaagat
atgaaaataaaaaattgattaaaattttttaagctttgcaaaactgtgctatttttcactactttattgatcaga
aaaactaattgcaaaatactattgagaaataaaaatacatttaaaaaaagaacaatacacctcagtatttcccag
atactttctgttaaaacttacaaacatactaaactagcaaaaccttgccataatttttacagcatctagtgagat
tctgtgaatatcacagtttaacataaccaaacataaccaaacataataaaaaactaacacattttccaaa
  
 75
150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
900
975
1050
1125
1200
1275
1350
1425
1500
1575
1650
1725
1800
1875
1950
2025
2100
2175
2250
2325
2400
2475
2550
2625
2700
2775
2850
2925
3000
3075
3150
3225
3300
3375
3450
3525
3600
3675
3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
5025
5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700


ham-2 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

 (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei, C.brenneri or C.briggsae.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

cacggaaagcattagtaacggaacacaccctcaaaaaagtaagagatcatcttaaggagcaaccaactctgcagg
aggaagaaaattcacctaatgctgttgagtagagtggaagttatttccggcgtctgtcacgagcatattccccct
tgatcgtaaaagttatgagttggcagtgccatgtgtggttggcgaagcttaaagcttttgttcacgtaaactgaa
tttttgggaatcttgaaaaatctgaaaaacttagaatgaaattactaaaaactactcaatggagattccctgttt
gttgtaaaagcagaccaatcgagacaaAAAAAAcTTTATCCgGCGCgccgacgacgccgaCGTGATGTCAGATGG
TAATCGTGCATTAGCTGCCCTCGTGATTcCCTCcGACCCCCTTGTTCGatcggttagacaacttTGAatATAAAA
AACATGgtaAGATAGAaaggaagaggacaactcccacttgtcgatggtagtgttgttttgcttgaggaacgaaga
agacgatcgctgTCTACTgCTGCCAACTTCCTTAGacgGtTTGCACTagTGAAGGACATaTAGCAATTttcggTT
GAAGCAACTCccgtcgcttggagagTCTTagtCCGGCTGGCCGGcggcggcgctgcgccccCCGGTGGCGTAACA
TTCCGGTTTTCAAaaTTTTCGCGAACAACGATGTCAACGGCTATCACATTGTCCATCAACACGTCTGCGAGTCTT
cGGGCAATGTTATCTTTGTAAGGAATACAAAATGGTAAAAACCTGAAATTGAaAAGATTTTCGgTCGCGCACATG
ACACATGCTAAACACCATCAGCTGATTTTcAaTTCTACCGTTTACTTTGgAGTTTAGCTAATtACGAAATCtctt
ttTTGGTAAtAAACAAtATcTTTTTgatctttttcactgtagattttcgaacaaatacttatttctcaatcatta
caaacggagtaagtgtgattttttatatttttttagggacataatgtattttttctattagtgcttattgctcaa
atttggctgttcataactcggatgtattcagttctaatacaaatttgtcaattgcaaaaataatgtttacttctt
ttttctatagttttgattgcatatcgatatgttcaaaattaaccagtctttcaccaggaagcaacataggactaa
tagaaaaaatacggtatatagtggcagtctaaactgatgctttatgtacttttaactttcattctaacttggtga
ttctaaaaaaacgacagacatagttgactcagttcccgtaaagaTCTGTCTGATCAcctctcggcttgtttCatt
ctcgcatccataTCtgTTCATACCAGCTGATcagcggctgagagaGAAAACGACGCcaCaGgAGATGTCGCCGAC
GCaaGGGAAGAtACCccCGGCGGCAGCCGGCGGGCACATTGGCTAATTGCGCAACGATCGCAAGGTCGATCACAC
TTTCCcAATtCCAAATGACCGTAAAATGCGCCAATCTACtCtgAGATGTTGCAAaacacAATGGaatgagagggg
AAAAAAGAGATAAGCTCttacccaccagtAGTtaaacTTAAtgGtGTTGTGgTttgaacatgtaatgaccattaa
aaaaggtgacggtattagtggaggtctactaaatatgtaatgtatcaaaatgtttttctgttctattcattttca
aaaatcatatcctgcatatcattcaaattcggaaaaatcaaatctgttgttgtcctttgctccctacatttttga
aacaatagtagttttatgacgtttaaaaattcccattatttgatgattcattttggttatctggttattcattct
cacaaaattgttgtgtgtcagtttttccgcatttcagtcgccgcaataaattcacagaaaaaaataagtccgatt
tttttgtcttacagtatagaatatctgcattttcattaggttgatttgtggtaatttatagaaaacgaaaaatta
atttttcttactcattcgttaatgacatcgtagctcaatcaattcattgtaattttataaatatcaaaattgttt
ctgttgaattaatagtgacgaacaacctgtggaacaataattttttagaagtaaTAAATCAAAAAaaaaaTTCTT
AcAgttTTATTTtctaattatgtttataatattcatattccaacattgcaaaggttcgaacatgcgacagtgctt
tagcttattcgaaaaatggcaaaaactcagatattgtcatcttctgactagaagtaaaatactttcaaataaact
tttgaaaattttattatgatatgtggtcattttaacaccttataaaaatttttaatcatttccccaccagctgta
cccacactctccaattttcacttcatattcaaaaccgtattcaaaagtattcaaaaaattcaacccacatcgcca
ggtgtgttcaaattttaacattcgttgttctccaacccctacagccaccagactatgcgcgaactgttcgaatac
gacaattatTTTTTcACTTTGCTAcaaaatgtcCaaAGGTGCCcccatcttgcttggggtttcaatctcgattgg
ggccgcccctgtaagacTCTTCccTTTTTCTATcTCGCAGTtCTTACGTAACCGCCTTGCATTTCgTCGCGcCTG
CCCTGTCCGCAAAAaCGATTAgAACGATTAGCTTGcCGTTTGACCTAAAAAAAAATCAtTCaagtAGCTGctGGC
TCGTCGTTCcTTCTCGTCATTACGTAActtttcaatttactatggtataagaagtctttcagaggttttgataaa
agttgaactacggccagtggaaaattattaaaaacaatggcgcaaaaataatcaagctttaaaaaaaaatttgga
aacatttttattctgagtctgaactcactcacaaaaaaaattttaataagctttttttgtttaaaattgtgttca
aaatatgcatacttcaacattttagaggttcaaacatgcaaactcagttttctccgcttttcgactctaaatatt
attaaatattgcaaaagtttcattatgatacttagacgttttagcacaaaaggcgtggttttgaaccatttcact
aagtccaaaaactaaaaatcgcaacaattgtaatatgctaatacatatatgaataggagcattctctatttgaat
gtctaattgatgcaaatatgtggaccataaaagtatgttcctaggttcttcaaacattctttccaatacctgtta
gtcctgctaaaattgaaaacttctaaaaaatgttcatttccatttcccttttttctcatatgttcctcctacttg
cccacctagaccTCTTGTCAcTTTGCGTTCACCTGTCTGTCTtTTGATgTAGTATATGGAACAGTTTTCTTATCC
attCGCTaTAtcTCcATTaCCTTACTcgcctcttgTTTCTTTTcTCTCGGAGatATATACCAGATAgacatttgg
cggGAAAAGGcAAGATGTGCTATGATAGCTACTGATTATGTAGCCGTCAAGAAAAGGAACGCGACCTGTACGcGG
GAggaggTGAATCCTTATTATACGAGCGCCTggacACACGGCCAAGGCCAATCcCTGTTCGTGCCGAGAATCTCa
acggggtaagattcacACTCTTATCCgtcaCCGCTcTACAATTACTGTAGTTgctgcggcgtgtgtaggcccaaa
aaaataatacagatagatagaaactcaacagtcaTACTCaACATTTTcAAAATTTTGgtagtGTGTGCCCAATTA
AAATAGCACATTGAATAgAGATAGTTGAACTTGTTGATGCGGATCGAGAAAACCGGCCTCAAAGCATTGTGTGAT
TATGGGGTCGAATGGCAGtcagaagagaggGGGagcGGGAGCGAGAgAGAGACAAAAATTCGAATATAATAGCGA
TGTTGGATAGTTTATTCTAGCATTGCGCAACCCGAATCAATTTTACAAAACTGGTTTTGTTGTGGTCGTCCAATA
AGAAAAAAGAACACGAGAATCgAAGATgCGCgcaATCCTCaACTCAAGCAATCATGCTGtctatggtttgagggc
ttttttggtGTATcccTCgcgtcattctattttTTtttgGGTCAgccgtgtttggtagaagtttcccaactgtta
ttcgcttgtgttctatactaaaaaaaagcttgaaCAGCTTGcccacatctgttcctaagagcatcgtgcttctat
ctaagactcgcttccaacttttttttttcaaaattgagaaagctaatcaactcgcaattgctagccaaaattgtt
GCcACTTACTATCcCGactGTGCTTGATGCCATTCccCTCACCcCGtgcGTCCCgtCGCTCACTATCTCTattCT
GCATGGTATGCCCCGCCTCCaaAaaTCGGGTAGGCGGGgGGAGTCATAGCCTTCAGCTCGTTcttgcaCTaCTGC
TTGCCATTTTGTTagtcCAAGagcacaGGTCAccGGaTTACTGTAgTAttCattttaagattgCAGAAGCcgTGT
GACAaatttcgatttTGAATgttctgttaTTTTCtCACTTCCtCCTCTCGAGCACTcTTACCTTCccCGCcATAC
TTGAGCTACtGTAaTGCATTGTCCAATcGcTGCTATGTATGCTttTTCGCTACTTtTAAACAGTATCAAgtgagg
gtGTAAATACCTgGTTGGTGTCAGCCGGCGACGACCTTCTTgtCTCCGgaGAGAAGAGCtGCGTCTGAATAcCtT
TTCGAGTGTTGTACGCAAAACTTTTCAAGTAGTGGAGGTctTGGTAGCCCATCcTACTTGTTCATCtatgAGCGC
TcTTTCATTCAaaCTgtcCACCGTTTTTTTcTTCTTccTTGTTagtgtttcctttcaaattcgattttgtgaaaa
tttcagcaccattttctaaaagcttcatcaaataacaaaaacatttttAgacAATGCCcTAtCGTGCaGAgCTaA
AACGTCCcGATTtgAAAGGCTCatTTCCCTGCTCgATTTGcCAAAAAGTaTTCTGCCACAGTTCgTCtCTGAGTC
GTCAccGgATGCAgGCtCAcTTTAAAAGcTAcACCTGTACCACtTGCAACAAcGAaATTCCAAGTAAGTtTgaaa
atgcaagtttgAGAAAAAaaagagAAAtAGaTGAATCAGAgTAGCAGGAGCTTGACTAACAATAGGggagaAAgA
GCgAAACaAtTTATgCCGCTATTGATgTTtTcACAGTTTTGTATCATgttTTatcataTGATAATAaGaAAAAAg
agAGGGaAacttaactcgagaacatagctattgttgaattgtacggaacttattctattgaaaatttaaaattga
tctaaaaatctaaaaataaaaaattatgggttctaggtgatgtttaactttctaatttattttttcaaaattgaa
ttaaaattctgaacgaatgttctatttcctgctgcatttagtttctgtcttctaccagtttattgcatttctaca
tttttctaatctccctcccaatacatttatttgatcggaagtctccataatcTGAAATGCGCGAAAgCTcagtgg
cATTGTTTACTgACAAGCTTAAACtcaactcaCaCCCtCCGATTAGCACgTGgCTATATTGGGCAtGTGTCAAAC
AaggttgATACagtCTCcttcTtTCCGcCAAAAAATTACATTgGTTaTCtAAATATTGACACCcTTTCcaACTAC
TACTGTATTCTTAATTGTAGaCaTcTATATGGCATGGCAAACTgAatGAGGAGGTGtGCAAAtAccgAGaTAGCT
CCGAcTGTCAATTAGGAGtatctatttagtaatatctgtTAAGCTTttaaaacaaccatgtgcacttttggacta
gtagcaaaaagtttaaaggtggagtagtgccagtggggaaatggttaacatccacttatatagagccaaaatgac
caacattattgacagtcaaaaagtggcaataactgtgttcttgccacttttcgagaaaactatagcaatgccgca
tgttcggatctctacaatgtttgaatatttatatttgaaaaatatgtaggcgactgtttatcgacgactttcaaa
aaagtaattaccaattttaaaaacaaaattAAAAATTTCAAAAAATTTTtgtagcgtcgtttggcaaattcggcg
ttattttttttcaatttcccactggagcgtctccagctataatggaaagcagtatcatgtattaaataataacaa
attgactctaatatttgtgcaagaatcTTTtGAAAAGACACCTctGACCATATTACGCCAcaGTTTTacaATAAC
AcgtctgCTATTTGcattGTCTAATTGCCCCATCTTtcCaTCCCGAGCGGCTTCCTaaGAgAGcGAGAGGCATAA
ATAACCGACGGTATGTATGTATTACTTAATGGTTTCTTTTCTTGGAAtgGAAggtaGGATGAACCTCCAAGGTCA
GTCATTTGATGACCATCCATCAGCTAATTGTTGGCACGcCACtgTCGCTAAGTGAGCTTGAGagcgAAGAATagg
gccagCGCGcgggcaaagtaaaaAAAAAAccACCGATTGTCTTCTTtccccaTCTTCCGCAACAAAAATTGCAAc
cTCTTCTTTTTCTaCCACcTTTcCAacattACAATTtATTGGTTGTTCACTCGcCGTCAATCATTTgTTACGGTT
CGctGAGCATGgGGGTCGTTCAAGAAACTTTCGgCCAAAGCAcCCAgCTTTTTTCACaccttacttcaccgctcg
cctAtACGTGGaatccAtaCGGCGGCATGTTAGCAggcaGATcAACaGGATTTGTTATATTACTCGTGCGCAATc
cAACAATAAGCGGATCAaCCaGTAGAATAcCGAAACATAACATGAAAAtGTTTTACAGCCTGACCcctgcgtttg
tcgTTTTTTTTtgtgttactGCTTTGTCGGtaggcaagatccgctattctatagattttctatagtgcgtatttt
caaattcagacAaacATGcAAATGAGGGGggtcgtcgtAGAACATTcGTCACATTGGCACCTAACATGCCTTTAC
GGgcgcgcgtataGTGTCcCAATGTTGCGAATTtCATTTGATTGATAGACaGTtAGGCTCGGTGGCACAAAGAAT
gGCAATTAAGtGGAATATGGAAATAGCaatgcaGtTGggGTTGGCAAATAGCCATTTACATGTTACTTTcgacaa
atatttagatcattgagacatgaattcaaaagctggagaagggttcaaatagtatTTGATAATTACCATAATAAA
ATGAgTGcGaAATGAGCCGGCAcTGCTCTCactgttcagtcattaggaaaccttaagaaACAATTTtgCAGGCAA
CGAtACACTaCGCAGtCACATGTATCGaGTACACAACATtACCCGAATGTTtATGTGtCGgTGTTGcAATTGGGC
TTTTCCcGACAAaACAAGTCTTCAcATcCATATGCAgAGtATGCTGAAAAATGGgacaccggGgGAAGCggctGT
ttTaGCtAAgAGtTCaGATGGTAaagatctacccacaaattttgaaatccattaatacaaatttgcagttgtaga
tagcacatccgagtcgggctccccgcgtcagtctccacccttctcgcctgatttgtTGATgCAAAAgcGtATGtT
aCAAgttGCTGCAAACAATAACAACATTGGATCCATTTTCCCGacactgcTcAAAAgccccGACTCcAAATCgaT
gTTCCCcCTGGATCTTTCtAACATGGGTCCtTCaCAgTTCcTcTCAGCgTGGCTTGCcAACAATCCCATCAAcAc
gGCggCCCTTAATCTGGCagCgCAACAAACACCgTCCAAaGTAcgttacaactctttgatgttttgaaTTCAAAT
GTATTacATTTTAAGGATTCcATCcAGTCTTCtAATATtAGCGATTATGACGAcTTaGAAGTGCAGACaACTGAa
GAAGACATcAAATTTGAAGTGGAAAGCAGTGATGTCAGcCCTCGGTCaGTCATTGTCAAgacTGAACCAACtTtc
AAAAGAgAACTGGAACACGAtGCTGATATTGATGTGGAaGGcGATGATGTAAGgAAAACTtatTgAAATtttgag
gaaaatttgtttttcaccccattaaactttaatatgtcatattatgaAACtTtcAAaATtTTCAGGGcGAACCaC
CATTGAAaATGACgATTGAtGAcAAAaACATcCAcATTTCcCATGAtCAgCCtTCtCCAACgGTTTCgGATTCtC
ACATCAGtGGTGGAtcgTCTAGTCAtTCgGGCGAAAGTTtgAAATGCTTTGATTGTCAGGTtaggaagttgtctt
aaatggttttgaattataatttaaaatatgaaaaaaaaaaataaaaaaccatccattttgcgagcgctatgtgaa
gagaatctgggaattaggtacagtacttctggtgatatgattagtctttaggttaagtttgataatccagtcatg
gactgctccactttcaagttcacgctaggtttcagctggttaaaatctcagggtcctatagcaaaacgggtgctt
tcaattgtgatgataaatttatgaaaacggattcgaggttttttgacacactcgattccaaatatcacaaaaaat
tttcctgaagaattgtatgtattccaatgcttcacaaatttaggggtgtcctacaagaagcgcgcgcactgtaaa
aactcgtgacctgtagttcttcagcggccaccactaccgactgagttatcccccacccactgatatttttaataa
tttacataagtttatgATgTTTCAGGTaGCcaGaGGgaagcttGTtGCaGTtGAGGAcAAATGTCGTGCcTAtGA
aAAgACcATtAGAGAgtTGCAagttcaagtggatttcctccgcaAAATTCAAcCGAatCCGATGCCacCcGTgAT
GCTgCctCCTCCgATGATGCCtatgccatctccagggccgaacaatctatTtCAAAATCCTGCgATGAGaATGTT
gtTGAACAATTtgattcacATGAAccgtccctcagtggttccctagatccaaacgatttcaatttctttatttcc
gattttgatggtgtcatcaaaTCTAGtTGAACCAcGTAGTCATTTTcattccttgtttctaatcagcattttgag
ccattgaaatacaacaatcctttgagcaatttccgaaatactctgaatcaaagaaccaacagcttttaAAgcggt
tttggttggcttttaaactaattgtcgtttatATCtTTGTACATAATgcctattctcgtagctacttcttatctt
tgcatccaaatatttcaaacttccaaaaaaaatcagagtgctctcattccTGACAattgTATTTACcGCAATCTT
AGAAACTGGTGGACAttTTCCAAAcAAtCCGAATCTACTTTACTTTTtTGTTGCAATAGCTTCAATAaAACGTAG
CCTTAAATGCACTCAGCgATTtAcCTAGAACGTCCTTTacattacttCATTGTTctaaatgtttccttttttatt
tcttctggtccttttcttgacttttatagcattacccttttttcccgccttgactttttccttccctcaatgatt
tcatttcattataTTTGTGATAAATAaTTTTcaaagttcaaaatgcaggaagtaataagccatacaaaaaactag
caaaaacgaaactctcacaagatgatgttatcctcgcataaaacatcattttgtttgaatgcaaaactgaacccg
tttcagagggTAATGtGCTTTCAGGTGAAgcgatgTGAaaattcatttttaccttttcgacccactagacgtcac
aatcagcatagtgaaaggttgagcatgattcatttctgatttcttcctgatgtactcagtcgattgtctaaaact
tcagcttcaagaaatttcgtactagttgattccctttttgcagctttcgttttcttacatcaaaacgaaaaattg
ctagatgaaatacttacgaacttgtgtttggcttcaattgttattcaaaatttctcaggagtgtatttaaagtat
tctaaaaccatataaaactccaaaaatagtcaaatctatgttattgcagaatagatgcttaaaatatttctcgaa
aatgaattaatatttagataattttttgtgactctcccttgtccattttatgttttgaacatttagtatttttgt
atcaccagctgctgcaagtcaattcacacaggttagaatgttgcgatatattgaaatttcctatatctggtactc
cattttaaggatgtaaaaattcagatattgcaatactttttaaaaattgtagaaatttttaatgtgcatccaaaa
agtggtacccctaattttggaagtcagctagaaacgtttttcctaccatttttatatttcaaccttttttgattg
tttgtatcataacaatataaggattcaaaactacgtctagcagttttttttcacttattattttgaaagtctacc
gaaatattgtgcatttttctgaagctgtttaaaagttcacatggttttactcatttatagttgaagatttttttt
tcgttttactaaacgaggcaaccacttttcaaaattatgtgaaactgatcttaagctattgaaaacggagtagtg
tcttttgagattttgtttcaaatcgggcgtatgatgcgaattttaaaatttgtcgagctctgcaaatttgacaaa
tctttttttccaatatcagcaaactcggcaatttcagcaaatttgatttgcggagcaaattcagaaaaatataat
gattttttgccattttttggagcacccaaattactgaagtcacggatttgatagcacggatttgattttttggtg
aggtccgtttggtctgccagcatgagaaagtaactcaatgctatgctattttactagagtttttaaaacaaaatc
aatagtttaagtcaaaattggttcgcccaatttttgatgtgtgcggcaaatttgtaaatttggtgacctcggcaa
ttttggcacatccacttttctgaaacttgccgtgctcggcaagtatggcaaaattgctgcacatccctgcttcaa
acaatataaaatgtaccgttatgactgggagctgttgagaatttcgtaaaacgtactttgttattattactttta
aattcccgctcaaatgctgcatggcatcgttttggttttttttctgcaaaaaaacttatgaactgatattcatac
tttaagaaaatttcaatttttaacatttaatttatcctaattagtttggaattagatttaatttgcattctccgt
tttatttaaatttaggcttttcactgaaccatgattaatagtcaaaaacaaacactattgaaaatcgagggcttt
tgtttttgaaatttaataaaaatggtgtttttcgaccgatcgcagcccattgtctgtgtggtctttttcattcag
atagcattttcaaagcagaaaagtgaatgtgttaacgctaattatAATTtTcGTTTTTTTcctcttTTTCaaaca
TCTgGAAAtaacattctccggcATTtgaaattgaaattctgggtgtttaatgtctagtcaagaagtctagcattt
acgcaataacgtaaaagcattcaaacccgcgtgcaggtgccatttttaacatttagagttttttttggttcggta
acaatcatttgactaaccaatgagtcttttaaattccgaaAAAAAATcagTgcacttaatttcaatacgTCCaaa
GTCTGCCTGATTCgGGAGCCgTAGtGTTTTTGCAaTaAACAGGTGAAAAcgatgtggcacagcgcgatgGTGacG
ACAACaTAAAcTGGGTAGGCGGCGcTTgGAAACGCCttCTGTTCtAGTCTGACCcacacgtgagagatgatattg
agactactcttccttctctagtggtatagcaaaaaaaactattccttctttttttactttttatcgtaccggttt
cccagctctgaaagttcaatgctcagtttgttgatcaaacaaagcctgaaaaaatctacttttttccgagaattt
ttagatttaaaatttttttctttgcattgttttgttttgtcgaattaattttcaagtacgtaagtacgtatgatt
ccaagaatagaataatataaattgaaaaccaagctttacttttttccttgttattatctagttattacttgcatt
ttcacctcaaaaacaggctactaattaccatttcgattgtaggtcccttgagagcgtatgaatcgaggtctcctt
tacattattctcacattattttagttgacccacttttttttcgtgtgtgctgttatccacgtttttctttgttac
acatttcccATTTTTcatTTcCAGaAACaAACgAGGGcCCCCTTGTGTcTgaaaatgttggcgaatttcaaaact
gcctatctttctctgttggttttgattttggttctcatcagtttaacagatgctcatgcttcaagctggaaatca
attttaaattctgataagagaatggtaagtttttcttaaaattttagtaggttcttaatggttctcttttaggaa
acaaaacaacattcattggaatctatatttcgagtgaggcggacctacatagacgaaaatgaggtaggattcttt
gaaacagtgacgaaacatttttcatgggttagggttaaaatcacctgctttgttgacttgaccagatatcacgct
gctaaaacatctgagaatttcaaattgaatgaacaaacaatgtTTGCAGAACTGCGgctcgCAcGAgtTgGAgaT
GGTgCACACgATaATGGACAGAATaTGcATGcTctgccacgagctgcgatcacatttcgcaccgaacacgcgggt
cgaatgtcgcaaggactgttttcagaacgacacgtttcaatcatgcatgaaaatattttcgagagtaccgtcgag
acctgttcaacagccggagccaactgctcccattcctttgtatactgaaaatgtgcaaactttggacgatttcaa
agagcggcgtagacggttgtgaaggcttttattcaagtcttaatttgataagtatttattttgattttccatgaa
atttgtttttaaacgtttctttttttgtttgaactgcactacacaccttggggaaaaattcaatttatttcactc
ttaaaaaactaggtataataagtctaaatcaagcttgcttttcttattttttgtatcttttttttgtcttttcaa
tcgcctattatcattctacaaaaggttgtgacggacattttctcatcttatgaatactggattactggaataaat
aatgatttatattgtttttccgtgcttctacataaaagatgagcttataatatattttgaagcatcatgcttacc
taagcagaatgatttttttttgaacaggtggttttagttctggctaaggtagcgtgttattaatagtgaaaacac
tcaagcagttaaagttttcaactaaAttttcAATTGtagacatggcattttgcaagcgccaaagtgtacctattt
ttaagtttcaggcaaccgggaagtttgcacgtatgagcaatgtttgtcagaaactgtgggttgatcacgcagatg
tttccatttgtatCACAAAAAAaagaggtggcggaatattagataagaaatttaaaaaaaaattaattcccagaa
tagaaaaccagtaaagtgtaacaaaacggaagttcgaaaatatatgacgtatgtgtgaaaaactcaggaaaacaa
ttttaattaatttttttttaatttctgacactttttaatttaatttctgacacttagatttttacaaaacacatt
atccgtcaagaatctgtttatcaaaatgtcattgtcgataacctcttttcgtaaatacctaatctcaaaactgtg
atatatagtagcaaatgacgtatcacattctgtctcctacaataataaacatataataatgaaacgtagaaaatg
aactgggtacaaaattggatttttcatgtaattatacaaacaaaatattttttccttcagcgcgtcataaggaaa
actatagacagaacgctttttgtcggtttgtgggataattagaagaaacaagacagaacgacaaaatgtgattgt
ttatgtagattttaaagattggttaattttttgttttgtatcaaataaaaacaagaaaatgtaggagggggcttg
aatttataaaaacctgatattagatttttaaaaaattgaaatcatgtcttgaaaatatatttaaaaagtgaagat
atgaaaataaaaaattgattaaaattttttaagctttgcaaaactgtgctatttttcactactttattgatcaga
aaaactaattgcaaaatactattgagaaataaaaatacatttaaaaaaagaacaatacacctcagtatttcccag
atactttctgttaaaacttacaaacatactaaactagcaaaaccttgccataatttttacagcatctagtgagat
tctgtgaatatcacagtttaacataaccaaacataaccaaacataataaaaaactaacacattttccaaaa

  75
150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
900
975
1050
1125
1200
1275
1350
1425
1500
1575
1650
1725
1800
1875
1950
2025
2100
2175
2250
2325
2400
2475
2550
2625
2700
2775
2850
2925
3000
3075
3150
3225
3300
3375
3450
3525
3600
3675
3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
5025
5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700

Enhanced BLAT Score Card

 (Back to Top)


 Nematode EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: ham-2 locus
        

     Reference Genome: C.elegans
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              C.elegans
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            14696
            1
            14696 0 564 
  
           
            652
            5930
            11174 0 
                 0 /
                 88
               
  
           
            651
            5934
            11174 0 
                 0 /
                 87
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.remanei
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            5027
            364
            13625 1  
  
           
            127
            3814
            6196 1 
                 54 /
                 33
               
  
           
            123
            6136
            14399 0 
                 83 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.brenneri
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            4575
            327
            12933 0  
  
           
            111
            10462
            11826 0 
                 111 /
                 0
               
  
           
            141
            2139
            11320 0 
                 141 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.briggsae
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            3538
            113
            9706 1  
  
           
            144
            6181
            11245 0 
                 144 /
                 0
               
  
           
            139
            2155
            13788 0 
                 139 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              P.pacificus
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            101
            7469
            13938 0  
  
           
            41
            892
            1011 0 
                 41 /
                 0
               
  
           
            111
            6101
            12611 0 
                 111 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
C.elegans ham-2 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the C.elegans ham-2 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri and C.briggsae orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

C.elegans ham-2 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans ham-2 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri and C.briggsae orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

ham-2 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei, C.brenneri or C.briggsae.Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

Enhanced BLAT Score Card (Back to Top)

Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile
