Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:
1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.
2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.
3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
 


  

    
	

	  C.elegans mec-3 locus Genomic EvoPrint
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Black capital letters represent bases in the C.elegans mec-3 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei  and C.brenneri orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

    


(ORF orientation in 3' --> 5' direction)



 
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150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
900
975
1050
1125
1200
1275
1350
1425
1500
1575
1650
1725
1800
1875
1950
2025
2100
2175
2250
2325
2400
2475
2550
2625
2700
2775
2850
2925
3000
3075
3150
3225
3300
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3450
3525
3600
3675
3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
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4725
4800
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4950
5025
5100
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5625
5700
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5850
5925
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6150
6225
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8175
8250
8325
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8775
8850
8925
9000
9075
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9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
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10725
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11025
11100
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11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
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12075
12150
12225
12300
12375
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12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050




mec-3 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei or C.brenneri.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.


ATGTCTCTCTAACATTCTCGAATTTCTTGTTTGATCTCCAAAAACTGGtACCATAACTGCAGGTTTTCCACTGAA
TGCAAtTTCATTTGTACTTGCCAtACCCCCATGAGTAACAAAAAGATCtAATCGAGGATCAGCTAAAAGTGCCTG
CTGTGGCATCCAATCAACTtGtActATGTTTTTGATTGTTGGGTCaAACTCTTTCACAATgTCGAtAGAAGAGTT
TTCGTATTTCCAtATAAAAGTGATATCAGGCATcattCCgAGaGCAaTGATAAGAGAacgcctggaaaaaagtaa
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ctcggaaacagttgtattcgtgatgcaccgtcatgagtccattatgctcactgaggaattatgcgcaaatttcca
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AgTTCaTCAAagCTttTGTGGcGGcTtTCgtgTGCcCAACTgATTATTTTCtTgcttTATGGATGTgCAATGTAC
AGTTTGAGAATCTTTTTAcCAGGAgaAAGAAGTGCAGTTTGGCAAGCgGTCACtgaatTTTGTTATGTAAGTgtc
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ctagctttttgcccaagtatgacccaaaaaaatccaacttggatcaaaagttggcaaaactcaaattttccatca
ttttaatattgttcaacaattgagaaaaatttagtttaggcggcgcagcagtttaacccaagtttaactgaacta
ttgtcaatcttttacccaagtttaaaacgacatgagaatagtatgagccaaagtttgacaagggcttgatcaaac
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ctactgtgccattatgccacttatctgcatagtgtgtgctcaaaactcattgaagcaacgcaactccaaagttca
atcattgattacagtaaatgagaatttctatttggtttccaaaatttcgtgaccaaaaagaataactatcatata
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75
150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
900
975
1050
1125
1200
1275
1350
1425
1500
1575
1650
1725
1800
1875
1950
2025
2100
2175
2250
2325
2400
2475
2550
2625
2700
2775
2850
2925
3000
3075
3150
3225
3300
3375
3450
3525
3600
3675
3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
5025
5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050


Enhanced BLAT Score Card

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 Nematode EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile



  


 Gene Name: mec-3 locus
        

     Reference Genome: C.elegans
    		





 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.




  

    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  

  

   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  

  

    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  




 
View test species eBLAT to identify gap(s).











  

    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  

  

    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2nd or 3rd eBLAT
    
  

  

    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  

  

    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1st, 2nd  and 3rd eBLATs
    
  

  

    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1st and 2nd eBLATs
    
  

  

    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1st and 3rd eBLATs
    
  









 

    

        
 
            
              C.elegans
              (Ref  Sequence)

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            13028
            1
            130280 

  

           
            198
            1
            2580
                 0 /
                 198
               

  

           
            138
            4216
            43910
                 0 /
                 138
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              C.remanei

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            2783
            1
            12552062 

  

           
            1992
            11
            78012
                 185 /
                 1745
               

  

           
            186
            52
            57350
                 110 /
                 14
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              C.brenneri

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            2032
            1
            11772068 

  

           
            183
            1
            2580
                 26 /
                 84
               

  

           
            147
            6
            76360
                 45 /
                 29
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              C.briggsae

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            1462
            5
            70251 

  

           
            169
            3208
            129030
                 169 /
                 0
               

  

           
            146
            5361
            116390
                 137 /
                 9
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
  

  

    

        
 
            
              P.pacificus

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            178
            4663
            88640 

  

           
            95
            2913
            126030
                 95 /
                 0
               

  

           
            116
            1995
            68710
                 116 /
                 0
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None