Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:
1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.
2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.
3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
 


C.elegans ric-4 locus Genomic EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans ric-4 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei and C.briggsae orthologous DNAs.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

(ORF orientation in 3' --> 5' direction)
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ric-4 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei or C.briggsae.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

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Enhanced BLAT Score Card  (Back to Top)

 Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile

 Gene Name: ric-4 locus
 Reference Genome: C.elegans
 Click on individual Species and Composite eBLATs to view eBLAT alignments.
Score =   Total number of aligning bases.
Start/End =   First and last aligning bases in reference sequence.
Ns =   # of Sequence gap(s).

  View test species eBLAT to identify gap(s).

R/D =   Sequence rearrangements and/or duplications.
  R =   Total # of aligning bases unique to the 2nd or 3rd eBLAT
  D =   Total # of common aligning bases
Red =   Common to 1st, 2nd and 3rd eBLATs
Brown =   Common to the 1st and 2nd eBLATs
Magenta =   Common to the 1st and 3rd eBLATs
  C.elegans (Ref Sequence)
  Score Start End Ns R/D
  19183 1 1918301760 
  1900 5403 73710 0 / 140
  1775 5414 72520 0 / 15
  All Alignments 1st None

  C.remanei
  Score Start End Ns R/D
  5107 1018 190140 
  938 6048 72030 92 / 0
  949 6084 72030 103 / 0
  All Alignments 1st None

  C.brenneri
  Score Start End Ns R/D
  5025 995 189072 
  1093 5966 72051 55 / 0
  1059 5966 72051 21 / 0
  All Alignments 1st None

  C.briggsae
  Score Start End Ns R/D
  4712 1009 19131040 
  940 6031 72030 135 / 0
  871 6043 71750 63 / 3
  All Alignments 1st None

  P.pacificus
  Score Start End Ns R/D
  362 12954 138190 
  213 5976 175470 185 / 0
  136 6494 175910 108 / 0
  All Alignments 1st None