Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:
1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.
2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.
3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
 


C.elegans syg-1 locus Genomic EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans syg-1 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri and C.briggsae orthologous DNAs.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

(ORF orientation in 3' --> 5' direction)
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syg-1 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint  (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei, C.brenneri or C.briggsae.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

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4650
4725
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5325
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5625
5700
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5850
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6000
6075
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6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
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8250
8325
8400
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8550
8625
8700
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8925
9000
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9150
9225
9300
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9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
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14850
14925
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Enhanced BLAT Score Card  (Back to Top)

 Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile

 Gene Name: syg-1 locus
 Reference Genome: C.elegans
 Click on individual Species and Composite eBLATs to view eBLAT alignments.
Score =   Total number of aligning bases.
Start/End =   First and last aligning bases in reference sequence.
Ns =   # of Sequence gap(s).

  View test species eBLAT to identify gap(s).

R/D =   Sequence rearrangements and/or duplications.
  R =   Total # of aligning bases unique to the 2nd or 3rd eBLAT
  D =   Total # of common aligning bases
Red =   Common to 1st, 2nd and 3rd eBLATs
Brown =   Common to the 1st and 2nd eBLATs
Magenta =   Common to the 1st and 3rd eBLATs
  C.elegans (Ref Sequence)
  Score Start End Ns R/D
  15973 1 159730578 
  1671 707 156030 0 / 1093
  1066 746 156030 0 / 488
  All Alignments 1st None

  C.remanei
  Score Start End Ns R/D
  4096 302 138180 
  109 2718 28890 0 / 109
  176 4201 56191 168 / 8
  All Alignments 1st None

  C.brenneri
  Score Start End Ns R/D
  3911 209 120660 
  170 7167 154971 170 / 0
  111 5819 109370 61 / 50
  All Alignments 1st None

  C.briggsae
  Score Start End Ns R/D
  3164 408 106190 
  84 2757 29240 16 / 37
  87 2682 1433925 56 / 0
  All Alignments 1st None

  P.pacificus
  Score Start End Ns R/D
  134 8244 144730 
  130 398 74180 45 / 0
  129 398 144560 22 / 22
  All Alignments 1st None