Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  C.elegans syg-1 locus Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the C.elegans syg-1 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri  and C.briggsae orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 3' --> 5' direction)


 gccgatactcctcttttaagggtggtacacgttccataaatgcgtgaatttatgattcacatttttctgggtgaa
aaaaaaaacacgcatttattgtagatcaaactttaattggactgcctgacaccacgttgtgtaatagtaacaata
atcattagtaattattttgataaggaattgtaaaatatttcaatttacgtctgaacatgttcctcatttttttcg
catcatgacttcatttttcttccgcaagtctccctcagcatgttacaaatacaatttaaagacaaaaaagagaaa
ggaagaatcagataagttgttagttgttttcttttgttttcaagactcgaaccacattggcgcattcagtgaaaa
catcttagccgcgcggcaacgaaaaaaaaaacAATtATATTAGTACAACTGACATTtAATCCATTTTTTCGcCTC
ACAAATTCATCAGATTTCacatttcgttgcgtacatCTCAActtagctctcagtttctttagtattccttggGGC
CATATTTCgagAAAcTaCTCtTgcttgggaCCTCCtattaacggtCATTaCGTGaAGATATGCCAAACTGAATTA
TCGGTATAATCGagCTCATTAATGgACTcgacggcgattccggaagaaaggcaacaacagattttgctctttcga
atggcgttgactattagaggatgtgtaacagggcaaatcggcagacctgcagatctgccgattcgcctattttgc
cggaaaaacggaaattgccaacaattttaggcaaattgtggttttgcacattttttctggaacttccagaatttc
aatttcaaccggcaaaactgtacgcatcctgtgcaattttccgaaaatgagaacttcctggaattcgacaaactg
ctagttcttgtttcaccaatttgtagctttttcctgaaaaccccttcaagttatacaacaaaaaatcccgcacct
actactactactcctacttctacatgtcccttctcgtcacccatccttatcctttcagctaatcctctggatttt
tacgaaacacatcacaacaatatgtaattattattccccctgtttcacatctatctcttttcaccgccccggtag
atcgaatttgttgctctcccaaccaaccttgcaCAGTGATTAATTgcgactcttcggtgcttggcgattcaaaat
gttaccaagaagtgatgccataatctacttacatcgtcaccctTTCTAATTGGTGccgtgtgaaccTAATCACTg
TGctccttgggcacTCATCCGTAACcgtcatgcaatttagttgcttgttcattgtgcaataaaatggaaattgat
tgacttggtgaatatatatataaatatatatctatttcccatttcaccaagttacatcattgcgcaggttacatt
ctttctaacttgttttcaaattccatatctagttccaatgcccaatcccaacttaataagtatcggttaatggtc
agcccgatagaaatagtcgaaaaaacattttcccgtccctttacttttcctgcccttaaatccctggcactgaGc
GTgATCTCATATTTCACgccGTGCTAATCACCTTGTAGAAAAATGAGTGTaGAAAgAAAagAgaaaatagaagat
agcTCTTCaaAAaaaccttaggtatcaatatatctgtcagacgttttcccgggggagctagtattcggtatccgg
gaaaaatgttcgattctcaaattagcatatgtcattcatttcacatatgagtaggggtgttagaatgtgatgatg
gatgtactagttttgcattttctttctagactttatattttctgagttattgtagttgaaaagctaatctactgc
ttcaattacacagaagattaaaattatagtgaacaatattaattttttttgttagaaaattagacttttttattg
actgtcaaaaagtggcaatatttgagtatttgccacattgcgagaaaattatagtcgcatgttggaatttctaca
acgtttgatattaatatttgaaacataagtagatcattaattttgtaggaaaacacatttttgtgatcgaaaaaa
agtggcaaagaaggggcaaaaactgagattaatctaattttcaaaaaatcaaataaaatttggaatttttttgaa
ttatttaaaatatgatattaggtcattgtggtacgataaccatgttttgaaccaagttcctcttcacttcatgga
gcgcgttctatgactattatatttagcttattctttcagagctcctaatagacttgcatccctataagtctccca
cctttttagaaaatagtttgtttgccggtttctattaatattaccaataatactacactaactttttttcagagg
attttatagtgaaaggttttgaaaatttgtcacctttttgggtaaaatatatggaaatacgttcaaagctcctct
gtatttattggaatggatttattttccaaccagcccatttttttgtcaaactagccttacagtagagaaaatacg
atggtccaaaactatgctgaataaattttcacaggtgacttatagaacggacttaggcaagaactttcaattctc
cagccttcgaacttttgcatatcgagctgttatttatcgcatctgtctacgagacgttactttatttgagaagtg
catccatcagatactctgctcgtttttctcagttcgctgtgctcttgctaccaaaaCAAAAcgTGtgtggcgggg
ggggggggggggggggggggggttctcgttgcagtcctgtCTGTGTTGCAACTcGTCTTCTTGTCAAGCTCAAAA
GTTGTCGCGCCGCCTACAAATGAGCatTTCTtcCTCCTCccccatacttcgcatccctaaaacgattcaacttct
ttttcgttttctttttgttttcatttggtatttttcatccttttttcatcctatttttcattctctttttatatc
tcattttcttcagacactgacttccggtttaatcccaacgcttcctatttatttttctCATATTGtcatgaccGC
TCTAGTACCCAAAACATCATTAGgaATTCTCTcATAATACaTGTTTATTGAGattggggggtgggggttgaggtT
ATTAATAATCtgatttaactgctCCTCAACAAGAGggggTGCCCTCTTGAATCACCCGtCCcAATTttaaatcat
tgccggtcacacgagtacatgaCTCtCTttcccactctcctgttcttcTAATCCtTACCGCTTTTCGTtttgctc
tCAATAAgCTgTCgTGTCAACCACCGtgGGtCCCATTAgacaggagcctcgaattggtcgaatagggagacacct
cgtttttcgttttggtgcccagagattatgtgtgtaacaaaaaattgacaaatttcttttgaaaacggaaactgg
aaatttgttgtgaaagtctcattttttctagaagatttccacggttggaggagttacggttattgggataaaccc
aaaatgtgctcaaataaacgaattttgctataaaacttctctataattaaaacaaattcttagaaaaaattcctg
attttttctaaaatctcaaattttggtaacttttccatgtcggaacgcatgggaattgcctttttgtttaaatta
tcatccttttttggtagtttatctcaagatattttgttaactaaggaacattccaatccaaattttatcattttt
ggtaacataaatgtaccataattagctgaaaaatgtgagaaaaactaccaaacaatgcgaataagaatgactatt
taaaaaagtcaatttccaaagggaccaaaatttgaaatttttaactgaaccatcataaattattttcgagaaata
ttgaagaagtttcagtgcgaaattctttaattattttgggatatttcgggtcagtctgcttttaaatgtgatggt
ggaaacataatattacagggaaacttttaaggagcctattgtgagcacccaatttttgcaaggcacttttttcca
attttgttctgaccaaaactatatactttacgatttccaaaaagtcgagtaatctataaatacccgctaacaaaa
tttatacggattttaaatttagaatatcacgaatagaacagagttgaacaagaagtggagtagagtgtcttatca
atattttgtcagtgctttgtcagtgccttttgtcagtgctttggcagtgcctttttgtcagtgctttgtcagtgc
ctttttgtcagttcctttttgtcagtgctttgtcagtgcctttttgtcagtgctacacatgcacttatctggtgg
ccttctagtttatatcgggcttagagttagtgtttttctaagccaagaagtgaaaattaattgtaagttttgatt
gaattatcattttccatagaaatgaatggaaaacacataggaaattatttttggggcaggtatacatactacaca
agtactaaaaaacaatatgagaacctacataactactactaacgacaatTCCCTCCAATCATcccgttagaCGAt
ATTTAATGAGaggctgcattggggggacccgcaccaccgcctaagtccgcagggagattgactcGCGCTAACTTT
TTGCAATGTGAGAAAcGTGTGTgtgtgtgtgccTGTGTTTGCGTCTCgCcTcgaCCACATCATCATTTCTTATCC
CacaaaaaTTTtgCttctcaaCTTCTCAACTTTCTttccatcgtttttttttctcttCtcgATGATTGAGCAtCA
gAACAATaGGAAaatcattttgaaaatacattttgaacagaaagctgtgcgttaagaatctacatgttaagtttc
ctactagaagctctaaatacttttttaataatgactgttctcaatattgcgtgtctctcttttcggccttccttt
ttgcaaaaacacatttccatgttcaccacaattgctTTTcAGGCagaaagATGGTACGGTGGCagaccTGGCCAC
TGTTgttgttgtTTCAacTGGtcacTTGCCAACAgTTaCAaCAACGAATAGTgGAAGCtccgaaggatacattgg
cAgccGTcGGAGAAACaGCaATatTGACATGcaGAGTtGAACATCAAGTAAGTtgtgatgtgtgatttgcaaaat
tttgaaaccttcgacatttccacgcaaaaaaaaaatgaagtgcgcgcaactggtcaagaaactcggaaacttccc
ggtttctgattgaatttcctgctccacaggttctagaaaaattcgatttgcgagaatggcaaaaagatgaaaaat
tattaaaagatgataaTTTTcAGCAAGGgCCggtacagTGGATGAAAGATGAcTTTGGgcTcGGaACgGATaGAG
AcAAACCacTtCCtGGaAatAAaAGATAcaGgATGGTcGGAAGTGCgGCaAATGGgGAgTAtAAtcTGGAGGTta
gttttttttggtacgaaaatttgttatgtatttttgtgaggagttggtttggtttaacacgtcagaatatcattt
aaagaaattcctaaaagtttcagattttttcaaatatagagtcaacgttttggtaaattttaataaaaaatatga
cctttttgataaatttcgaacattgcagcaggtgtgctgcaggtcgatgtccgaaattacaatagatgaaaacaa
aatgttcacctgttttttaaactgaaatttcaaaaaacaaacttcacaaattttttaaaattttactgtagaact
tgggcccattagcactgtttgagcggttctaaagaacctcgtgattttttctgctaccataacatagtttgaacc
aaaatattcagagtttaacgggctacagttcatcaatttgaaactatattttaggcctgagttttattgctatgt
tttcttttgtctgaaaaaaaaactctaaaaatttctccttaggattggttttcttgtaacaattttaagagtttg
gtacctacttagatttttttgctaaacaaattgaacTTCCAGATCTCcAATGTaacgctattcGAtGATGAtGAt
TTcGCTTGTCAAATcTCgGAATCCGAtCACGCcAAaGCAGTTGTtTCgAGtAAAGCAAAgCTCACTGTgtTaGGT
AcgttaaaaaaacacatagcacttgcactaatcaactgcaacattacatcgttgttgtatcgtcTCaAAAAAgtc
aaaTTcaCACAATCTCctccggttttctgagaatgagAACTTGCTtTaAAATtcgAgATGACAGATCGaCaatTC
GCGCGgcggCTGCCAATTAATGTCtTCATAAACGTGCTGCCAGCGCCAATTTATCTCTcAAGTGGttGTTGAggG
GGTACGCATCcGCgcgtacttcttgcctcctaaccattctccgTTCTCTGATATGGCAGCtGCTCTtggtgaaac
cacaccgccaccggggaggactgaggcaacgaggttgtgtTGTAAATCTCATtGcgGGGTCATTATTCAtagAAT
GCGGtGGAATATgTTCaCATtgaacaaaaaaaaaacgggaaaatgagattCGGAaATTtGAaaaaataaaaagaa
aaatgttattgagctgctcattatttaattttgaatattTTTTTTCAGTgaGACCgAcgcCtCCaAAaATtgTgA
AAAGcCATCAttCtCTGAAAGCaATtGCcggcgatcctataACtCAaTCATGTtTATCtcGaAAAGGAAAACCAC
CtCCaACgATaGGATGGGCaATtGCaTCaGATGAgCATGGaAAgcAcATtgttTCaTGGtTgGgcgaatcgcgct
caAAaTTcGGaGGAATtCATGGTaaaaaatttcatattgaAAAtGAAttcaaaaaaaacctaTTTCAGCaAAACC
AGAAATCTCtCAAGAaACcGTGATTGCaCATGTaAAtGAaACcACTCAAGTtGAaGaGGgcggtaacaattcacg
agaggactctAgtATcTACAGTATtATGAGtAActTgAGGTtggttacatgaaacatttcagttaaagcggagag
tagagttggcgggtattctgctgaaatagactaaaacgtgccaaaaacgaccgaatttcataatgggacgtctca
caaatactcgacaaatttcttaaaatttcttatggcgtgtcaaaatttcgaaaaaaaagtgccaaattttcctga
aatctcttttttccaaaatttcgacccgtaatgaaaatgttttggaagtttttcgaaatggctgatcaagaaatg
tggccgttttggcaaattcaagcaaaatacccacaaaattgatttatcctttaattctagaatagcagtttgctg
ttatgtttcaaaaaaaaattataaaaaagtgccccggtaatttgaaaaaagtgtgttatttttatagaatgttat
ttttcgattggtacttgtgtagtatacttggcctaaatgatcaagaaatgtggccgttttggcaaattcaagcaa
aatacccacaaaattgatttatcctttaattctagaatagcagtttgctgttatgtttcaaaaaaaaattataaa
aaagtgccccggtaatttgaaaaaagtgtgttatttttatagaatgttatttttcgattggtacttgtgtagtat
acttggcctaaatatactaaccattttaaaaacttcacgcgaccgttttgtccgttcatattaagcttaggatta
atgtatttcaaagcctaaacatgcaaataaatttcacgtttcgattgaattatcattttaagttgaaatgaatga
aaaaatggctacacaaaaatcgttcagttagaaaaaaaattattaaaaaatcaaaattacgaaaacttttttcag
tttcataccacgtcCCGAAGAtGAcCACAAaTACTtgatctGTATtagTCAacAcATGACgTTCCCtaataaagt
aagcgtgtttattgctttttaatattttgttttattcattttctcttccagatcgaggttgattctgtgaagctt
tctcttcgatacgcgccacaaatcaacttaacagtggcatcaaaacttccgctacgagaaaatggctcagctctt
ctagcatgcaATgTtAAtGCaAAaCCAtTgGATAAtgtgaagATCAgcTGGTACAAGGGgAAtCAaAAgcTGaGA
GAAACTGGAGAtGTAagaggaattagtgttgctcggattgtaaattgttgagccatttattatacttaaaattaa
ttgtgtcacattcacatttgacattcaaaaacatttctctattcagttatttttaTTTcAGACtCTaacattcGA
AACtcTcAAAATGGAgGAtCAtAAtcGaGAtATcttcTGtGAaGCtACaAATGaaATTGGaACtactcgcgggtc
gattaagttgaatgtggcatgtaagttgttcatctcttttcattggaaaagaagacataagaagaagacacccag
tttttttttcaaacctatattttcaaatttataaaatcatataaaacctagttcttacagttggtGCACGTATtA
TGTCgACGTCACAaGATAAAGAAGtaAatGAAGGGGAcAAtGCAttTTttcatTGtGCaACtcTggCaAATCCaG
CtCCaGCgATtTtcTGGACtCGtGGAGAcagcGATGAaATTATTGGgcacggtgaaaagtatgttggaaaattag
cattggataatatgtatgatcataacaaaataaatttcagcttgacgttagagAAtGTGAGaACaTGGCAaCAGG
gtaactacAAcTGtACgGCtACagtggaagggtTTAGAAAACAAaTttTaTCgCAtTAcCTtCATATCAGAGGTa
cgctcgttgaaattaggcgcttgtagtttaacataaaatgtttaggcccaccaacggtctccatGAaAGAtGAaG
TatCAGCTTCaCTCGAtGAAGCaACgGAgATcATtTGcGAaATTAGcGGccgtccgaaaacaaataacgttAGAT
GGACagTAAATgGgAaAGAGATcAAttTTAAtAATGGaAGaATTACgGTAgggaatttgaagagaaattctgaaa
aaaactagaTTTTtCAGGTtCAccaaTAtCCcAAgCCaTATGGaAaaGAaAGTATTCTtaAAATCAAaGATTTgA
AAGAAGAAGAcTTTGGtgtttataattgcTCTGCAAAtAACGGgtTaGGaTTtGAcaacagaggcacactgctca
agaagagaaatattctagattggattggttagttttaacttttctggaaacttgcggagtatagggcttccatgt
gatgcaggcgcggtttcagggcctggcacctgcctccaaccgtccggcctcacgcctcctttcagaactatggtg
agaagtcaaagacttggtgttcccaccacataatgcaatgggtgtttctttcgccgtgactgacacttttcgggt
cccgcgtcgcactatacaagagacgtagctcttggcgcaaggcaggcagaggtcgccgcaaggcgtgcaggcgtt
ttggtgcctgcatggaagcggtagtaaagtatctacctgtagttcctggcccaaaaatgttaaccattttgaaat
tttcatgtgaccctttttgtccatattaggctaaggtttagtgtttttctaagccaaaaaattcaaatcaaattc
acgtatcgattaaattaagattttacgaagaaataaagggaaacaaaatttataacaatttccgactttcagtaa
taacagcaaagttcgatagaatggttgcacttgcaattataagtgcaggtgttcttttggtgtcactgctctgct
gcctctgcatgtgcagaagtaattgtcggtcaagaaagtcaaagtttattggtgagttattatcaacaggtggtt
gaatctataaattgacaacaatTTCAGATGAtCAatctgacgtcacaGTGAAaTGtGAgGCatTGGATGGACAaT
AtTTCCCaGAgATGTAtAGTAGcagccccgttgacaatgttCATcTcTCcACgAAGGTtggtcaaaagttggaca
atatgaagaaaaattcggtttatatatgtattagtctagtgtttatagcagatcaatttttaaaatcgtagggat
tatttgacgatagtttcaatttttttgagccccctgatatcatatcaccattcaaagaataaaaccaatttattt
cacAGGAtTAcATcTCgAtTCCtCAaAAcAATCCgGATtTgGAtTTCcTcGgtGCaAccGGaTCattcgggccac
cgGGAGGgcTgTATCCaAAaTGttTCAACAACTCGGCcAATGAaTAcATCTACAAcCGGTATGAaCAtTCATATG
GATCGTTTGGcAGTGGACTttccacgCCtGGAGGTACTAACCCtAAccaataacaccgtgtgcataactcatcct
caTTCTcATTTCAGGagTTTCAGATATGTACGGcGTgGCgATGaGcGACAAaTTgCCgGTtATGGAgACgcTaCA
gGAaGTgGAGACtCCcAAaACgTCcAACTACAAcTTccTcTCgTCGCCGGAaGTgGTCCGACCaATtAGtcGAAC
ATCAACtCAtGTGTAGAtacatacttgaaAtttTCCTGGTGCCAtctaaaactagaatttgttttgtaaatcttt
tttaaatcttttgatttttttttccaaaaaaaaaagaccgccgccaacgttttgaggtcatcaatcacctaaatg
atgttttgtgtcataaggtggcgttcttcagcagtttttgacatgttcattctcatttttatcttattcaaaacg
ggttttacttgccattctcatttttctcaccatcccatcccttttccactcacgagaagcctaattgacccccct
ccatcccacattgatatttcaatgacctataaattattttcacttgtatttttttctctctctctctcgtttgtt
tgaatgttttctagtcatccgaatttgcataaacaattttccatacatacgtgagattacattcattaaaatttt
gatgcagatgcattgagccagatgaagaacttgttcatttcttgcatgatttgcaagttttcaaattatacatcc
cattggagtatatcatagttgaacactatttcaatttcggcacaaagtaaactgccttcgaatttcaagttcagg
cctttttttcacacaaattggagtgagtttacaattttaaaaggggagtagagtttgtgggtacattgcttaaat
gtacaaaaactggccaaaactaaaaggtttgagtttttttaaaacttggaataaattcagtttgtttgaaatcaa
aataaccattccaaaaaaattgagcttcaagcgacattcaaaacaaaagttttactcattcaaaatgaaaacggc
cctgtccggcctgtagtggagatcaaccgaattttttgcgtcggccggattgggtcctcagtttttttttaccat
ggcacgtttttagaaataggcgtcctgcttccaactaatcgtatcaaacctgtcaactcgttaacgtcaaattct
gatgttgataaatagtgggtagtttttacccttgtggttccgagtccacactcctcctatcaattaacttttttc
ccctgctgagctttctttttcttgcggcttcccaatatttcaaatgatcactgccccactttttctgcccctgct
gactacttcacgcacgctgagtgaaatcttagggagaagagtatcaaactagaagcaagctatcaacggcggccg
tgcactcctccttcatctccaattggtttccaaggtgacattgattaaaacatctgatcattcctctttccaaat
ttggaaaatgaagcatgaaatgacttcctcattcgagaagccttttgctctctcataaatagctactcattgtcc
tcactcagattcaaacacttttatccagtgccaaagaacatcatcccctcgatttgcctaatccggtgcgtcagt
tgagcggcggcggcgcccaagctcctcggctgacccctataattggagaagaggttttctgcgtctagatgtcca
tgcttcttttccacaattgttgatatttatggttttttgaaacttttttcttttaccaggcttgatgtaaattga
aaaaaattacattcctatcaattatggagcgccaatcggaaaattgataaaattcaaaaaaaattgacttttttc
actttttctagtgacatttgaaatgtagcaattactgagttgttgtcatttttggagaaaactatatgctccgac
ccctagaatgttttaacacaactaattaaaacaaaattaaattataaaaatcgaagaaaattttttttgggtcga
ctaaaaaaattgtgatctacatattcttcactccttcatgttctaataagttaatcgaaccgtattacaacgaaa
ttttttctaccacacatacatacatcacgatttacaacctgtcattacaagttcaacaagacatatgcccagaat
ttgtacttatttgctccaaactaaatagcgtcacccgaaattcccacgcctgctgctcttttttccttctggtta
gatctgacccgatcaatctacttttttcaaccttttgatacaaaattgcaagctggcgtttctaatcaaaaatgt
ttcatatttattagatctcatgacttttttttcctcaaggtttaatatattttatgctttcagcaatccgtgtaa
tttggatttgtacttttgtatgcaagttttgcgccgctactctgaaaatatttctgaatgttttttctttaggtt
ttttttttcgaaactaaaggattcagattaattctagggcttcttgattcgcagaattttaatttccgaatccgt
tttcaaaatctgaacgttttcattaaacccccgcttgaaatagttcacaaatagggcataggaaaatgtagtcaa
aaccatcacacttcaaaaatttacattttgaaaacaagcaaatactgtatttttgttttgttacataataattaa
tataataagttggataggctagcattttaacattttccagaatgttctatttccaccgagatagagagcttcaaa
aattgcgatatgtacccatttttgaccattcatagtcctatcttacctgcggattggacaatattttattttaaa
tatgaaatctgtatcgccttagctttagggtacctccaagagccacgaacgcccttacgaacaatgagaagaact
gaggtgaaagatcttcgccacaacttgcacctttttttgcacgtatattaagctgttttctaggaaattcgtgga
tcacacttcaattttgtaatcatgcttcccgctactcctgcttctcagaacgatgtgaaatgtgcttgtggcatt
gaatttttagtgagagttcgaaaatcctcttgtgagttggaaacgcataaagacatgctcccatctgtcattctt
tctttttttctactccccccttgacccgtcacaatttccgttgcactttcaatgtctctcatcatcttcattttt
atcgaagcagtcattgacccgaatgttagattacttgattactcacttgcgctcacgttttaaaattttgtgctt
gaaaatgtttctgctctaactatataatttgtattcaaatgtaccttgaaaaagcagaatcaaaataattatagg
acacatgagtcagaatctattccaaacatcagtgcaagataagctacattcttgaaagaagagaaaaatgttagt
gctctcttaaaagtgcatccgcatcatccctcttatttggccagcagccgtcgttagccaagacacacaaaaaag
tgaaagaactatgttttactcatttcaataaaacagccttctttcttcatcaaccccgccgagtatgcactttct
gacttgatcccatcgtcattcgcacatatgcttttgagttcaattttattttctcttgttttcattgctttattc
tttaaaatagtgcggtttgctgaaatttgtttggtacttgtgtattatatccccaccattttaaatgaatattta
aaagtattaaaaaaatattcctattttcctatttttactttagcacagtaagtagaaattttgaatacgatcaat
atttctcttcttgtagctggaataattgctgggtagcacactcaaaagtttatgtcgtcaaactaacttttctag
taatttgtgaaaactgcgcaaagtaaaagtatggctgaattcctaaagagctgaaatgaccagatataaaattaa
actttgcaaaaaaattttttattttttatttttttttgtttcaagttaaatgaggtaaaccctagttatgaccaa
tttttaaaatttatattggattgcattttttacattttcttttttatttccgttcaacttccttgtgttttttcg
cgggttggagcattgaatgttgatgtgtgctttttcaccgtgcttcacacaaaatgtaggcggagattttaaagt
ggaaaatggtgaagaagcgcgccgtcactatagatattcgttgtgttctcaaatatttcctgaacaatgtccccg
cactttagaattttgcgaagcgaaaagtgcacattttatctcaatattatatccaaggtcttaagtaactttact
agttctgcgtcagctacagtaagacgatacaatttctaatctgcttctaatctgtttcttgaagcgatgttgagc
acagaattcaaaaacgtctcattttgtcgaaattagagtattaatcatgaactgaaactgaaaaacttacatttg
tgttttgatacttctatgccctaagttcaactttgcaacagcttttcgtaatcttttctactgaagctgaaaagc
ttgcatttgtaatccatcgttttacatattagaaatacgacaaattggtgctaataggatagattcgttgaatag
tcattattttcatcgttcaaaaccactctatttcgctatttaaactcaaaatcaagttcgtttaaaactggagca
cgagagaaaataatttctgatttccgtaacaatatttgcgtaaactagcttaaagtaatatttactaaaactttc
agatgaagatggaatgtatgttcctctcaaaccaagaattagacatacccatggaactccaaaaatgctgtatgt
ccattgaccatgcatctgaaagtgttattgaaagaccagtggaactaacgtgcctgtccaacgtcgtgaatggga
cgggaatcagtgacaaaatcgcatcaggtcgttttggtacagtcttcttaggaactattacggattcaatgttac
aggtatgtacaaaaaaaattttcggcaaacggcaaatcggcaaaatgtagaaatgcaaatttccggcaaatcagc
aattttccaaattgccgatttgccgaatttgccgaaaattgtggttttgcacattaaaaaaattaaaacaaattc
ctctaaaaatttccggcaaattaatagccggcaaacgacaattcggcaatttgctaaaaatgaaaatttccggca
aatgggtgatcagtacataccttttttaacttttataataaaacaatgtaaggaaattacggaatttatcatcaa
aatttcttaaaatattgcatattctgctgctaaacccctgatggacagctaaaaaatacacatttttcactagtg
tttctatacaattatatgtattcttcagttccttttagttcaaaatacctatagagctttggtttataattattt
ttaacattttttgcacacgctattaaaagtgcaatccaaggtcaaaaaattgagcaggtgttacaacgtttgacc
gctttcagctgttttagtgtcgttatttcaaaattgaattcaaggttgcaatcaaagagtatcacgaaacat
  
 75
150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
900
975
1050
1125
1200
1275
1350
1425
1500
1575
1650
1725
1800
1875
1950
2025
2100
2175
2250
2325
2400
2475
2550
2625
2700
2775
2850
2925
3000
3075
3150
3225
3300
3375
3450
3525
3600
3675
3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
5025
5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
14775
14850
14925
15000
15075
15150
15225
15300
15375
15450
15525
15600
15675
15750
15825
15900
15975


syg-1 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

 (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei, C.brenneri or C.briggsae.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

gccgatactcctcttttaagggtggtacacgttccataaatgcgtgaatttatgattcacatttttctgggtgaa
aaaaaaaacacgcatttattgtagatcaaactttaattggactgcctgacaccacgttgtgtaatagtaacaata
atcattagtaattattttgataaggaattgtaaaatatttcaatttacgtctgaacatgttcctcatttttttcg
catcatgacttcatttttcttccgcaagtctccctcagcatgttacaaatacaatttaaagacaaaaaagagaaa
gGAaGAATCAGATAAgTTGTTAGTTGTTTTCTTtTgTTttCAAGacTCGAACCACAttggcgcattcagtgaaaa
catcttagccgcgcggcaacgaaaaaaAAAAcAATtATATTAGTACAACTGACATTtAATCCATTTTTTCGcCTC
ACAAATTCATCAGATTTCacatttcgttgcgtaCATCTCAActtagctctcagTTTCtTtagTATTCCTtgGGGC
CATATTTCGAgAAAcTACTCTTGCttGGGACCTCCtatTAAcGGtCATTACGTGaAGATATGCCAAACTGAATTA
TCGGTATAATCGaGCTCATTAATGgACTcgacggcgattccgGAAGAaagGCAacaACAGATTTtgctctttcga
atggcgttgactattagaggatgtgtaacagggcaaatcggcagacctgcagatctgccgattcgcctattttgc
cggaaaaacggaaattgccaacaattttaggcaaattgtggttttgcacattttttctggaacttccagaatttc
aatttcaaccggcaaaactgtacgcatcctgtgcaattttccgaaaatgagaacttcctggaattcgacaaactg
ctagttcttgtttcaccaatttgtagctttttcctgaaaaccccttcaagttatacaacaaaaaatcccgcacct
actactactactcctacttctacatgtcccttctcgtcacccatccttaTcCTTTCAgctaATccTCTggATTTT
TACGAaacacATCACAACAatatgtaATTATTaTtccccctgtttcacatctatctcttttcaccgccccggtag
ATCgAATTTGTTgCTCTCccaaccAACCTTGcaCAGTGATTAATTgcgactcttcggtgcttggcgattcaaaat
gttaccaagaagtgatgccataatctacttacaTCGtCACcctTTCTAATTGGTGccGTgtgaaccTAATCACTG
TGcTCcTTGgGCacTCATCCGTAACCgtcatgcaatttagttgcttgTTCATTGTGCAATaaaatggaaattgat
tgacttggtgaatatatatataaatatatatctatttcccatttcaccaagttacatcattgcgcaggttacatt
ctttctaacttgttttcaaattccatatctagttccaatgcccaatcccaacttaataagtatcggttaatggtc
agcccgatagaaatagtcgaaaaaacattttcccgtccctttacttttcctgcccttaaatccctggcaCTGAGc
GTgATCTCATATTTCACGccGTGCTAATCACCTTGTAGAAAAATGAGTGTAGAAAGAAAagAGAaaATAGAagat
agcTCTTCAAAAaaaCCTTaggtatcaatatatctgtcagacgttttcccgggggagctagtattcggtatccgg
gaaaaatgttcgattctcaaATTAGCATAtGTCATTCAtttcacatatgagtaggggtGTtagaatgtgatgatg
gatgtactagttttgcattttctttctagactttatattttctgagttattgtagttgaaaagctaatctactgc
ttcaattacacagaagattaaaattatagtgaacaatattaattttttttgttagaaaattagacttttttattg
actgtcaaaaagtggcaatatttgagtatttgccacattgcgagaaaattatagtcgcatgttggaatttctaca
acgtttgatattaatatttgaaacataagtagatcattaattttgtaggaaaacacatttttgtgatcgaaaaaa
agtggcaaagaaggggcaaaaactgagattaatctaattttcaaaaaatcaaataaaatttggaatttttttgaa
ttatttaaaatatgatattaggtcattgtggtacgataaccatgttttgaaccaagttcctcttcacttcatgga
gcgcgttctatgactattatatttagcttattctttcagagctcctaatagacttgcatccctataagtctccca
cctttttagaaaatagtttgtttgccggtttctattaatattaccaataatactacactaactttttttcagagg
attttatagtgaaaggttttgaaaatttgtcacctttttgggtaaaatatatggaaatacgttcaaagctcctct
gtatttattggaatggatttattttccaaccagcccatttttttgtcaaactagccttacagtagagaaaatacg
atggtccaaaactatgctgaataaattttcacaggtgacttatagaacggacttaggcaagaactttcaattctc
cagccttcgaacttttgcatatcgagctgttatttatcgcatctgtctacgagacgttactttatttgagaagtg
catccatcagatactctgcTCGTTTTTCTcagttcgctgtgctcTTGCTaCCAAAACAAAACGTGtgtggcgggg
ggggggggggggggggggggggttctcgttgcagtccTGTCTGTGTTGCAACTCGTCTTCTTGTCAAGCTCAAAA
GTTGTCGCGCCGCCTACAAATGAGCaTTTCTTCCTCCTCccccatacttcgcatccctaaaacgattcaacttct
ttttcgttttctttttgttttcatttggtatttttcatccttttttcatcctatttttcattctctttttatatc
tcattttcttcagacactgacttccggtttaatcccaacgcttcctATTTatTTTTcTCATATTGTcatgaccGC
TCTAGTACCCAAAACATCATTAGgaATTCTCTCATAATACaTGTTTATTGAGattggggggtgggggttgagGTT
ATTAATAATCtGATTtAAcTGCTCCTCAACAAGAGggggTGCCCTCTTGAATCACCCGTCCcAATTttaaatcat
tgccggtcacacgagTACATGACTCTCTtTcccactctcCTGTTCtTCTAATCCTTACCGCTTTTCGTTTTGCtC
TCAATAAGCTgTCgTGTCAACCACCGtgGGtCCCATTAgacaggagcctcgaattggtcgaatagggagacacct
cgtttttcgttttggtgcccagagattatgtgtgtaacaaAAAATTGacaaatttcttTTGAAaACGgaaacTgg
aAATTTgttgtgaaagtctcattttttctagaagatttccacggttggaggagttacggttattgggataaaccc
aaaatgtgctcaaataaacgaattttgctataaaacttctctataattaaaacaaattcttagaaaaaattcctg
attttttctaaaatctcaaattttggtaacttttccatgtcggaacgcatgggaattgcctttttgtttaaatta
tcatccttttttggtagtttatctcaagatattttgttaactaaggaacattccaatccaaattttatcattttt
ggtaacataaatgtaccataattagctgaaaaatgtgagaaaaactaccaaacaatgcgaataagaatgactatt
taaaaaagtcaatttccaaagggaccaaaatttgaaatttttaactgaaccatcataaattattttcgagaaata
ttgaagaagtttcagtgcgaaattctttaattattttgggatatttcgggtcagtctgcttttaaatgtgatggt
ggaaacataatattacagggaaacttttaaggagcctattgtgagcacccaatttttgcaaggcacttttttcca
attttgttctgaccaaaactatatactttacgatttccaaaaagtcgagtaatctataaatacccgctaacaaaa
tttatacggattttaaatttagaatatcacgaatagaacagagttgaacaagaagtggagtagagtgtcttatca
atattttgtcagtgctttgtcagtgccttttgtcagtgctttggcagtgcctttttgtcagtgctttgtcagtgc
ctttttgtcagttcctttttgtcagtgctttgtcagtgcctttttgtcagtgctacacatgcacttatctggtgg
ccttctagtttatatcgggcttagagttagtgtttttctaagccaagaagtgaaaattaattgtaagttttgatt
gaattatcattttccatagaaatgaatggaaaacacataggaaattatttttggggcaggtatacatactacaca
agtactaaaaaacaatatgagaacctacataACTACtACTAACgACaAtTCCCTCCAATCATCCCGTTAGACGAT
ATTTAATGAGAGgctgcattggggggacccgcaccaccgcctaaGTCCGCAGGGAGAtTGACTCGCGCTAACTTT
TTGCAATGTGAGAAACGTGTGTgtgtgtgtgcCTGTGTTTGCGTCTCGCcTCgACCACATCATCATTTCTTATCC
CAcAAAAATTTTgCTTCTCAACTTCTCAACTTTCTttccatcgtttttttttctctTCTCGATGATTGAGCAtCA
gAACAATaGGAAaATCATTTtGAAaatacattttgaacagaaagctgtgcgttaagaatctacatgttaagtttc
ctACTAGAAgctctaaatacttTTTTAATAATgactgttctcaatattGCGTGtctctcttttcggccttccttt
ttgcaaaaacacatttccatgttcaccacaattgcTTTTCAGGCAGAAAGATGGTACGGTGGCagaccTGGCCAC
TGTTGttgttGtTTCAACTGGtCAcTTGCCAACAgTTaCAACAACGAATAGTGGAAGCtCCgAAggatACaTTGG
CAGCcGTcGGAGAAACaGCaATaTTGACATGcaGAGTTGAACATCAAGTAAGTtgtgatgtgtgatttgcaaaat
tttgaaaccttcgacatttccacgcaaaaaaaaAATGAAGTGCGCGCaacTGGTCAAGAAACTcggaaacttccc
ggtttctgattgaatttcctgctccacaggttctagaaaaattcgatttgcgagaatggcaaaaagatgaaaaat
tattaaaagatgataaTTTTCAGCAAGGgCCgGTaCAgTGGATGAAAGATGACTTTGGgcTcGGaACgGATAGAG
AcAAACCacTtCCtGGaAATAAAAGATAcAGGATGGTcGGAAGTGCGGCAAATGGGGAGTATAATcTGGAGGTtA
GTTTTTTttggtacgaaaatttgttatgtatttttgtgaggagttggtttggtttaacacgtcagaatatcattt
aaagaaattcctaaaagtttcagattttttcaaatatagagtcaacgttttggtaaattttaataaaaaatatga
cctttttgataaatttcgaacattgcagcaggtgtgctgcaggtcgatgtccgaaattacaatagatgaaaacaa
aatgttcacctgttttttaaactgaaatttcaaaaaacaaacttcacaaattttttaaaattttactgtagaact
tgggcccattagcactgtttgagcggttctaaagaacctcgtgattttttctgctaccataacatagtttgaacc
aaaatattcagagtttaacgggctacagttcatcaatttgaaactatattttaggcctgagttttattgctatgt
tttcttttgtctgaaaaaaaaactctaaaaatttctccttaggattggttttcttgtaacaattttaagagtttg
gtacctacttagatttttttgctaaacaaattgaacTTCCAGATCTCcAATGTaacgctaTTcGATGATGATGAT
TTcGCTTGTCAAATcTCgGAATCCGAtCACGCCAAAGCAGTTGTtTCgAGTAAAGCAAAgCTCACTGTGtTAGGT
AcGTTaaaaaaacacatagcacttgcactaatcaactgcaacattacatcgttgttgtatcgTCTCaAAAAAGTc
AAATTCACACAATCTCctCCGGTTTTCtgagaaTGAGAACTTGCTtTaAAATTcGAgATGACAGATCGaCAATTC
GCGCGGCgGCTGCCAATTAATGTCtTCATAAACGTGCTGCCAGCGCCAATTTATCTCTcAAGTGGtTGTTGAGGG
GGTACGCATCCGCGCGTACTtcttgcctcctaaccattctcCGTTCTCTGATATGGCAGCTGCTCTtGGTGaAAc
cacaccgccaccggggaggactgaggcaacgaggttgtgtTGTAAATCTCATTGcGGGGTCATTATTCAtagAAT
GCGGTGGAATATgTTCACATTgaacaaaaaaaaaacgggAaAATGAGAtTCGGAAATTtGAAAAAataaaaagaa
aaatgttattgagctgctcattatttAATTTTgaATATTTTTTTTCAGTGaGACCgACgCCTCCAAAAATTGTGA
AAAGcCATCAtTCTCTGAAAGCaATTGCcGGcGATCCtATaACtCAATCATGTTTATCtcGaAAAGGAAAACCAC
CTCCAACgATaGGATGGGCAATTGCATCAGATGAgCATGGAAAGCACATTgttTCaTGGTTGGgcGAaTCgcGcT
CAAAATTcGGAGGAATTCATGGTAaaaaatttcatatTGAAAATGAATTcAAaaaaaacctaTTTCAGCAAAACC
AGAAATCTCtCAAGAAACcGTGATTGCaCATGTaAATGAAACcACTCAAGTTGAAGAGGgcggtAACAATTCAcg
aGAGGACTCtAGtATCTACAGTATtATGAGtAACTTGAGGTtggttacatgaaacatttcagttaaagcggagag
tagagttggcgggtattctgctgaaatagactaaaacgtgccaaaaacgaccgaatttcataatgggacgtctca
caaatactcgacaaatttcttaaaatttcttatggcgtgtcaaAATTTCGAAAAAaaaGTgccAAAttttcctgA
AATctcTTTTTTCCAAAAtttcgacccgtaatgaaaatgttttggaagtttttcgaaatggctgatcaagaaatg
tggccgttttggcaaattcaagcaaaatacccacaaaattgatttatcctttaattctagaatagcagtttgctg
ttatgtttcaaaaaaaaattataaaaaagtgccccggtaatttgaaaaaagtgtgttatttttatagaatgttat
ttttcgattggtacttgtgtagtatacttggcctaaatgatcaagaaatgtggccgttttggcaaattcaagcaa
aatacccacaaaattgatttatcctttaattctagaatagcagtttgctgttatgtttcaaaaaaaaattataaa
aaagtgccccggtaatttgaaaaaagtgtgttatttttatagaatgttatttttcgattggtacttgtgtagtat
acttggcctaaatatactaaccattttaaaaacttcacgcgaccgttttgtccgttcatattaagcttaggatta
atgtatttcaaagcctaaacatgcaaataaatttcacgtttcgattgaattatcattttaagttgaaatgaatga
aaaaatggctacacaaaaatcgttcagttagaaaaaaaattattaaaaaatcaaaattacgaaaactTTTTTCAG
TTTCATaccacgtcCCGAAGAtGAcCACAAATACTtgatctGTATtAgTCAaCACATGACgTTCCCtaataaagt
aagcgtgtttattgctttttaatattttgttttattcattttctcttccagatcgaggttgattctgtgaagctt
tctcttcgatacgcgccacaaatcaacttaacagtggcatcaaaacttccgctacGAGAAAAtGGcTCaGCTCTT
CTaGCaTGcAATgTtAATGCaAAACCATTgGATAATGTGAAgATCAgCTGGTACAAGGGgAATCAAAAGcTGAGA
GAAACTGGAGATGTAagaggaattagtgttgctcggattgtaaattgttgagccatttattatacttaaaattaa
ttgtgtcacattcacatttgacattcaaaaacatttctctattcagttatttttATTTCAGACTCTaACATTCGA
AACtcTcAAAATGGAgGATCAtAATCGaGAtATCTtCTGtGAaGCTACAAATGAaATTGGAACTactcgcgggtc
gattaagttgaatgtggcatgtaagttgttcatctcttttcattggaaaagaagacataagaagaagacacccag
tttttttttcaaacctatattttcaaatttataaaatcataTAAAACctagttcttacAGTTGGtGCACGTATtA
TGTCgACGTCACAAGATAAAGAAGTAAAtGAAGGGGACAAtGCATTTTttcatTGTGCAACtCTGGCaAATCCaG
CtCCAGCgATTTtCTGGACtCGTGGAGAcAGcGATGAaATTATTGGgCAcGGtGAAAAgtatgtTGgaaaattag
cattggataatatgtatgatcataacaaaataaatttcagcttgacgttaGAgAATGTGAGaACaTGGCAACAGG
gtAACTAcAAcTGTACgGCTACaGTgGAagGGTTTAGAAAACAAaTTTTaTCgCATTAcCTtCATATCAGAGGTa
cgctcgtTGAAattaggcgcttgtagtttaacataaaATgTTTAGGcCCACCaacggTCTccATGAaAGATGAaG
TaTCAGCTTCaCTCGAtGAAGCAACgGAgATCATTTGcGAaATTAGcGGccGtCCgAAaACaAATAAcGTtAGAT
GGACAgTAAATGGGAAAGAGATcAAtTTTAATAATGGAAGaATTACGGTAgggaatttgaagagaaattctgaaa
aAAActagaTTTTTCAGGTTCACCAaTAtCCCAAgCCATATGGAAAAGAAAGTATTCTtAAAATCAAAGATTTgA
AAGAAGAAGAcTTTGGTGTtTAtAAtTGcTCTGCAAATAACGGgTTAGGATTTGACAAcaGaGGcaCacTGCTCA
AgAAgagaaatattctaGATTGGATTGGTtagttttaacttttctggaaacttgcggagtatagggcttccatgt
gatgcaggcgcggtttcagggcctggcacctgcctccaaccgtccggcctcacgcctcctttcagaactatggtg
agaagtcaaagacttggtgttcccaccacataatgcaatgggtgtttctttcgccgtgactgacacttttcgggt
cccgcgtcgcactatacaagagacgtagctcttggcgcaaggcaggcagaggtcgccgcaaggcgtgcaggcgtt
ttggtgcctgcatggaagcggtagtaaagtatctacctgtagttcctggcccaaaaatgttaaccattttgaaat
tttcatgtgaccctttttgtccatattaggctaaggtttagtgtttttctaagccaaaaaattcaaatcaaattc
acgtatcgattaaattaagattttacgaagaaataaagggaaacaaaatttataacaatttccgactttcagtaa
taacagcaaagttcgatagaatggttgcacttgcaattataagtgcaggtgttcttttggtgtcacTgCTCTGcT
gccTcTGCATGTGCAgAAgtaATTGtcggtCAAGAAAgTCAAAgtTTATTGGTgAGTTaTTatcAaCAGGTGgtt
gaatctataaaTTgacaacAATTTCAGATGAtCAATCTGACGTCAcaGTGAAATGtGAGGCATTGGATGGACAAT
ATTTCCCaGAgATGTATAGTAGCAGCCccgttgacAATGTTCATCTcTCcACgAAGGTtggtcaaaagttggaca
atatgaagaaaaattcggtttatatatgtattagtctagtgtttatagcagatcaatttttaaaatcgtagggat
tatttgacgatagtttcaatttttttgagccccctgatatcatatcaccattcaaagaatAAAACcaaTttaTTT
caCAGGATTACATCTCgAtTCCtCAAAACAATCCGGATtTgGATTTCCTCGgtGCAAccGGATCaTTcgGgCCAC
CgGGAGGgCTgTATCCAAAATGtTTCAACAACTCGGCcAATGAATACATCTACAACCGGTATGAACAtTCATATG
GATCGTTTGGcAGTGGACTtTCcACgCCTGGAGGTACTAACCCTAACCAATaacacCGtGTGCATAACtcaTCCT
CaTTCTcATTTCAGGAgTTTCAGATATGTACGGcGTgGCgATGaGcGACAAATTGCCgGTtATGGAGACGcTaCA
gGAaGTgGAGACTCCCAAAACgTCcAACTACAAcTTCCTcTCGTCGCCGGAAGTGGTCCGACCaATTAGtcGAAC
ATCAACtCAtGTGTAGATACAtActtgAAATTTTCCTGGTGCCATcTAAAActagaatTTGTTTTgtaaatcttt
tttaaaTCTTttgaTTTTTTTTTcCAAAAAAAAAAGaccgcCGCCaaCGTTTTGaGGTcATCAAtcacctaaatg
atgttTTGTGTCATAaggtgGCGTTCTTCAgcagTTTTTGAcATGTTCattctcatTTTTATCTTaTTcaAAACG
GGtTTTaCTTGCCATTCTCATTTTTCtCaCCatcccatcccttttccactcacgagaagcCTAAtTGACccccct
ccatcccacattgatatttcaatgaCCtATAAaTTATTTTCACTTGTATTTTtTTCTcTCTCtctctcgtttgtt
tgaatgttttctagtcatccgaatttgcataaacaattttccatacatacgtgagattacattcattaaaatttt
gatgcagatgcattgagccagatgaagaacttgttcatttcttgcatgatttgcaagttttcaaattatacatcc
cattggagtatatcatagttgaacactatttcaatttcggcacaaagtaaactgccttcgaatttcaagttcagg
cctttttttcacacaaattggagtgagtttacaattttaaaaggggagtagagtttgtgggtacattgcttaaat
gtacaaaaactggccaaaactaaaaggtttgagtttttttaaaacttggaataaattcagtttgtttgaaatcaa
aataaccattccaaaaaaattgagcttcaagcgacattcaaaacaaaagttttactcattcaaaatgaaaacggc
cctgtccggcctgtagtggagatcaaccgaattttttgcgtcggccggattgggtcctcagtttttttttaccat
ggcacgtttttagaaataggcgtcctgcttccaactaatcgtatcaAaccTGTCAAcTCGTTaacgTCAAattcT
GAtGtTGATaAATAGTgGGTAgTTTTtacccTTGTGGTTCcgagtccacactcctcCTAtCAATTAacttttTTC
CCcTgctgagctttctTTTTCtTGCGGCTTCCCAataTTTcaaAtGATCActgccccactttttctgcccctgct
gactacttcacgcacgctgagtgaaatcttagggagaagagtatcaaactagaagcaagctatcaacggcggccg
tgcactcctccttcatctccaattggtttccaaggtgacattgattaaaacatctgatcattcctctttccaaat
ttggaaaatgaagcatgaaatgACTTCCTCATtcGAGAAGCCttTTGCTctctcataaatagctactcattgtcc
tcactcagattcaaacacttttatccagtgccaaAGAACATCATCCCCTCgATTTGCCTAATCCGGTgCGTCAGT
TGagcggcggcggcgcccaagctcctcggctgacccctataattggagaagaggttttctgcgtctagatgtcca
tgcttcttttccacaattgttgatatttatggttttttgaaacttttttcttttaccaggcttgatgtaaattga
aaaaaattacattcctatcaattatggagcgccaatcggaaaattgataaaattcaaaaaaaattgacttttttc
actttttctagtgacatttgaaatgtagcaattactgagttgttgtcatttttggagaaaactatatgctccgac
ccctagaatgttttaacacaactaattaaaacaaaattaaattataaaaatcgaagaaaattttttttgggtcga
ctaaaaaaattgtgatctacatattcttcactccttcatgttctaataagttaatcgaaccgtattacaacgaaa
ttttttctaccacacatacatacatcacgatttacaacctgtcattacaagttcaacaagacatatgcccagaat
ttgtacttatttgctccaaactaaatagcgtcacccgaaattcccacgcctgctgctcttttttccttctggtta
gatctgacccgatcaatctacttttttcaaccttttgatacaaaattgcaagctggcgtttctaatcaaaaatgt
ttcatatttattagatctcatgacttttttttcctcaaggtttaatatattttatgctttcagcaatccgtgtaa
tttggatttgtacttttgtatgcaagttttgcgccgctactctgaaaatatttctgaatgttttttctttaggtt
ttttttttcgaaactaaaggattcagattaattctagggcttcttgattcgcagaattttaatttccgaatccgt
tttcaaaatctgaacgttttcattaaacccccgcttgaaatagttcacaaatagggcataggaaaatgtagtcaa
aaccatcacacttcaaaaatttacattttgaaaacaagcaaatactgtatttttgttttgttacataataattaa
tataataagttggataggctagcattttaacattttccagaatgttctatttccaccgagatagagagcttcaaa
aattgcgatatgtacccatttttgaccattcatagtcctatcttacctgcggattggacaatattttattttaaa
tatgaaatctgtatcgccttagctttagggtacctccaagagccacgaacgcccttacgaacaatgagaagaact
gaggtgaaagatcttcgccacaacttgcacctttttttgcacgtatattaagctgttttctaggaaattcgtgga
tcacacttcaattttgtaatcatgcttcccgctactcctgcttctcagaacgatgtgaaatgtgcttgtggcatt
gaatttttagtgagagttcgaaaatcctcttgtgagttggaaacgcataaagacatgctcccatctgtcattctt
tctttttttctactccccccttgacccgtcacaatttccgttgcactttcaatgtctctcatcatcttcattttt
atcgaagcagtcattgacccgaatgttagattacttgattactcacttgcgctcacgttttaaaattttgtgctt
gaaaatgtttctgctctaactatataatttgtattcaaatgtaccttgaaaaagcagaatcaaaataattatagg
acacatgagtcagaatctattccaaacatcagtgcaagataagctacattcttgaaagaagagaaaaatgttagt
gctctcttaaaagtgcatccgcatcatccctcttatttggccagcagccgtcgttagccaagacacacaaaaaag
tgaaagaactatgttttactcatttcaataaaacagccttctttcttcatcaaccccgccgagtatgcactttct
gacttgatcccatcgtcattcgcacatatgcttttgagttcaattttattttctcttgttttcattgctttattc
tttaaaatagtgcggtttgctgaaatttgtttggtacttgtgtattatatccccaccattttaaatgaatattta
aaagtattaaaaaaatattcctattttcctatttttactttagcacagtaagtagaaattttgaatacgatcaat
atttctcttcttgtagctggaataattgctgggtagcacactcaaaagtttatgtcgtcaaactaacttttctag
taatttgtgaaaactgcgcaaagtaaaagtatggctgaattcctaaagagctgaaatgaccagatataaaattaa
actttgcaaaaaaattttttattttttatttttttttgtttcaagttaaatgaggtaaaccctagttatgaccaa
tttttaaaatttatattggattgcattttttacattttcttttttatttccgttcaacttccttgtgttttttcg
cgggttggagcattgaatgttgatgtgtgctttttcaccgtgcttcacacaaaatgtaggcggagattttaaagt
ggaaaatggtgaagaagcgcgccgtcactatagatattcgttgtgttctcaaatatttcctgaacaatgtccccg
cactttagaattttgcgaagcgaaaagtgcacattttatctcaatattatatccaaggtcttaagtaactttact
agttctgcgtcagctacagtaagacgatacaatttctaatctgcttctaatctgtttcttgaagcgatgttgagc
acagaattcaaaaacgtctcattttgtcgaaattagagtattaatcatgaactgaaactgaaaaacttacatttg
tgttttgatacttctatgccctaagttcaactttgcaacagcttttcgtaatcttttctactgaagctgaaaagc
ttgcatttgtaatccatcgttttacatattagaaatacgacaaattggtgctaataggatagattcgttgaatag
tcattattttcatcgttcaaaaccactctatttcgctatttaaactcaaaatcaagttcgtttaaaactggagca
cgagagaaaataatttctgatttccgtaacaatatttgcgtaaactagcttaaagtaatatttactaaaactttc
agatgaagatggaatgtatgttcctctcaaaccaagaattagacatacccatggaactccaaaaatgctgtatgt
ccattgaccatgcatctgaaagtgttattgaaagaccagtggaactaacgtgcctgtccaacgtcgtgaatggga
cgggaatcagtgacaaaatcgcatcaggtcgttttggtacagtcttcttaggaactattacggattcaatgttac
aggtatgtacaaaaaaaattttcggcaaacggcaaatcggcaaaatgtagaaatgcaaatttccggcaaatcagc
aattttccaaattgccgatttgccgaatttgccgaaaattgtggttttgcacattaaaaaaattaaaacaaattc
ctctaaaaatttccggcaaattaatagccggcaaacgacaattcggcaatttgctaaaaatgaaaatttccggca
aatgggtgatcagtacataccttttttaacttttataataaaacaatgtaaggaaattacggaatttatcatcaa
aatttcttaaaatattgcatattctgctgctaaacccctgatggacagctaaaaaatacacatttttcactagtg
tttctatacaattatatgtattcttcagttccttttagttcaaaatacctatagagctttggtttataattattt
ttaacattttttgcacacgctattaaaagtgcaatccaaggtcaaaaaattgagcaggtgttacaacgtttgacc
gctttcagctgttttagtgtcgttatttcaaaattgaattcaaggttgcaatcaaagagtatcacgaaacatt

  75
150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
900
975
1050
1125
1200
1275
1350
1425
1500
1575
1650
1725
1800
1875
1950
2025
2100
2175
2250
2325
2400
2475
2550
2625
2700
2775
2850
2925
3000
3075
3150
3225
3300
3375
3450
3525
3600
3675
3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
5025
5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875
13950
14025
14100
14175
14250
14325
14400
14475
14550
14625
14700
14775
14850
14925
15000
15075
15150
15225
15300
15375
15450
15525
15600
15675
15750
15825
15900
15975

Enhanced BLAT Score Card

 (Back to Top)


 Nematode EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: syg-1 locus
        

     Reference Genome: C.elegans
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              C.elegans
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            15973
            1
            15973 0 578 
  
           
            1671
            707
            15603 0 
                 0 /
                 1093
               
  
           
            1066
            746
            15603 0 
                 0 /
                 488
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.remanei
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            4096
            302
            13818 0  
  
           
            109
            2718
            2889 0 
                 0 /
                 109
               
  
           
            176
            4201
            5619 1 
                 168 /
                 8
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.brenneri
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            3911
            209
            12066 0  
  
           
            170
            7167
            15497 1 
                 170 /
                 0
               
  
           
            111
            5819
            10937 0 
                 61 /
                 50
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.briggsae
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            3164
            408
            10619 0  
  
           
            84
            2757
            2924 0 
                 16 /
                 37
               
  
           
            87
            2682
            14339 25 
                 56 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              P.pacificus
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            134
            8244
            14473 0  
  
           
            130
            398
            7418 0 
                 45 /
                 0
               
  
           
            129
            398
            14456 0 
                 22 /
                 22
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
C.elegans syg-1 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the C.elegans syg-1 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri and C.briggsae orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

C.elegans syg-1 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans syg-1 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri and C.briggsae orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

syg-1 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei, C.brenneri or C.briggsae.Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

Enhanced BLAT Score Card (Back to Top)

Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile
