Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  C.elegans unc-1 locus Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the C.elegans unc-1 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri  and C.briggsae orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 3' --> 5' direction)


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unc-1 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei, C.brenneri or C.briggsae.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

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14550
14625
14700
14775
14850
14925

Enhanced BLAT Score Card

 (Back to Top)


 Nematode EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: unc-1 locus
        

     Reference Genome: C.elegans
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              C.elegans
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            14897
            1
            14897 0 315 
  
           
            351
            1012
            1788 0 
                 0 /
                 36
               
  
           
            390
            1012
            1894 0 
                 0 /
                 75
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.remanei
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            2309
            999
            14408 0  
  
           
            220
            1727
            4912 0 
                 220 /
                 0
               
  
           
            174
            5826
            10076 0 
                 157 /
                 17
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.brenneri
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            2006
            2947
            13358 0  
  
           
            215
            1503
            10316 26 
                 85 /
                 39
               
  
           
            172
            1503
            10339 0 
                 81 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.briggsae
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            1821
            2957
            12825 0  
  
           
            233
            6173
            10173 0 
                 225 /
                 0
               
  
           
            179
            4664
            10316 0 
                 148 /
                 23
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              P.pacificus
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            315
            8017
            10860 1  
  
           
            164
            1609
            12748 0 
                 164 /
                 0
               
  
           
            135
            1712
            11282 0 
                 135 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
C.elegans unc-1 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the C.elegans unc-1 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri and C.briggsae orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

C.elegans unc-1 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans unc-1 locus reference sequence that are conserved in the C.remanei, C.brenneri and C.briggsae orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

unc-1 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.remanei, C.brenneri or C.briggsae.Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

Enhanced BLAT Score Card (Back to Top)

Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile
