Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:
1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.
2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.
3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
 


  

    
	

	  C.elegans unc-38 locus Genomic EvoPrint
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Black capital letters represent bases in the C.elegans unc-38 locus reference sequence that are conserved in the C.briggsae  and C.brenneri orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

    


(ORF orientation in 3' --> 5' direction)



 
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ACcGCtAATTTATTtGGccttGatTGcGTGCTGAATGCCTCgACgCAAATcGGACGaGTCAGGTAACTTcTTCCG
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AgTGGaATCGAcTTTTCTCGGAATGAGCTCACATAtGGTCCTTCTCtAACAAAtCGgGAcACTGAtGAGTCGACA
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ATtAatCGGGCaTCCCAaTCtGTTGAaCTTTTcATTTCtGGAacATCggaatcagcgaccga

  
 
75
150
225
300
375
450
525
600
675
750
825
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1350
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2025
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2325
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2550
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11550
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11700
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11925
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12075
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12225
12300
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12450
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13125
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unc-38 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.briggsae or C.brenneri.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.


atgaaaacttttattacctgaagcatgagtcatagctaaatttgatttattgacctagaatattaattcacccac
ccctcaagaattttcccttattcaataaatctaattttctatggctctaattctttgagagcacaagctttttcc
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75
150
225
300
375
450
525
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675
750
825
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1050
1125
1200
1275
1350
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1500
1575
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1725
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2175
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2325
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2475
2550
2625
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2775
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3150
3225
3300
3375
3450
3525
3600
3675
3750
3825
3900
3975
4050
4125
4200
4275
4350
4425
4500
4575
4650
4725
4800
4875
4950
5025
5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
6000
6075
6150
6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
7050
7125
7200
7275
7350
7425
7500
7575
7650
7725
7800
7875
7950
8025
8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350


Enhanced BLAT Score Card

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 Nematode EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile



  


 Gene Name: unc-38 locus
        

     Reference Genome: C.elegans
    		





 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.




  

    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  

  

   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  

  

    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  




 
View test species eBLAT to identify gap(s).











  

    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  

  

    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2nd or 3rd eBLAT
    
  

  

    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  

  

    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1st, 2nd  and 3rd eBLATs
    
  

  

    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1st and 2nd eBLATs
    
  

  

    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1st and 3rd eBLATs
    
  









 

    

        
 
            
              C.elegans
              (Ref  Sequence)

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            13338
            1
            133380 

  

           
            1378
            808
            25920
                 0 /
                 1378
               

  

           
            472
            2903
            37720
                 0 /
                 472
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              C.briggsae

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            3091
            4916
            133220 

  

           
            2018
            4916
            133220
                 119 /
                 1899
               

  

           
            801
            901
            24830
                 801 /
                 0
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              C.remanei

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            2667
            5380
            1330710 

  

           
            921
            1005
            25090
                 921 /
                 0
               

  

           
            315
            2878
            34600
                 315 /
                 0
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
    

        
 
            
              C.brenneri

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            1676
            9097
            133380 

  

           
            1341
            9104
            131830
                 189 /
                 1152
               

  

           
            1154
            4992
            81280
                 1154 /
                 0
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None
               
           

   


    		
  

  

    

        
 
            
              P.pacificus

        
 
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        

  

           
            296
            5816
            70610 

  

           
            134
            9295
            101790
                 134 /
                 0
               

  

           
            143
            8777
            113120
                 143 /
                 0
               


 
               
               
                 All Alignments
               
                 1st
               
                 None