Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

Conserved Sequence Parsing Instructions
To curate selected conserved sequences in both forward and reverse orientations:

1. Enter a short three to four character name to identify the origin of the sequences.

2. Using your cursor, highlight region of interest in the EvoPrint or EvoDifferences profile.

3. Select the "Extract CSBs" button

Conserved Sequence Block Name:
EvoPrint
Evodifferences Profile
Enhanced BLAT Score Card


  
    
	
	  C.elegans unc-86 locus Genomic EvoPrint
    (Back to Top)
	
    
  
  
      Black capital letters represent bases in the C.elegans unc-86 locus reference sequence that are conserved in the C.brenneri  and C.remanei orthologous DNAs.


    Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
    
(ORF orientation in 3' --> 5' direction)


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13575
13650
13725
13800
13875


unc-86 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint

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Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.brenneri or C.remanei.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

taccgaacattttgtaaattttgcgtgaattttcagccaacaattttagattctctccggcaattcaatgtcttc
agaaaacttttaaaaatcattggttatacggaagccatcaaaagacgtttgtctcctagtaaactgtcactgcat
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4575
4650
4725
4800
4875
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5100
5175
5250
5325
5400
5475
5550
5625
5700
5775
5850
5925
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6225
6300
6375
6450
6525
6600
6675
6750
6825
6900
6975
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7125
7200
7275
7350
7425
7500
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7650
7725
7800
7875
7950
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8100
8175
8250
8325
8400
8475
8550
8625
8700
8775
8850
8925
9000
9075
9150
9225
9300
9375
9450
9525
9600
9675
9750
9825
9900
9975
10050
10125
10200
10275
10350
10425
10500
10575
10650
10725
10800
10875
10950
11025
11100
11175
11250
11325
11400
11475
11550
11625
11700
11775
11850
11925
12000
12075
12150
12225
12300
12375
12450
12525
12600
12675
12750
12825
12900
12975
13050
13125
13200
13275
13350
13425
13500
13575
13650
13725
13800
13875

Enhanced BLAT Score Card

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 Nematode EvoPrinterHD  -  Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile


  
 Gene Name: unc-86 locus
        

     Reference Genome: C.elegans
    



 Click on individual Species and Composite eBLATs to
view eBLAT alignments.



  
    
      Score
    
     =  
    
    
      Total number of aligning bases.
    
  
  
   
     Start/End
   
    =  
   
   
     First and last aligning bases in reference sequence.
   
  
  
    
      Ns
    
     =  
    
    
      # of Sequence gap(s).
    
  


 
View test species eBLAT to identify gap(s).








  
    
      R/D
    
     =  
    
    
       Sequence rearrangements and/or duplications.
    
  
  
    
        R
    
    
      =  
    
    
      Total # of aligning bases unique to the 2^nd or 3^rd eBLAT
    
  
  
    
        D
    
    
      =  
    
    
      Total # of common aligning bases
    
  
  
    
      Red
    
    
      =  
    
    
       Common to 1^st, 2^nd  and 3^rd eBLATs
    
  
  
    
      Brown
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 2^nd eBLATs
    
  
  
    
      Magenta
    
    
      =  
    
    
      Common to the 1^st and 3^rd eBLATs
    
  






 
    
         
            
              C.elegans
              (Ref  Sequence)
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            13861
            1
            13861 0 140 
  
           
            207
            947
            3888 0 
                 0 /
                 67
               
  
           
            231
            3588
            3895 0 
                 0 /
                 91
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.brenneri
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            4525
            246
            13861 0 6 
  
           
            164
            2459
            10662 0 
                 123 /
                 19
               
  
           
            135
            692
            4990 0 
                 72 /
                 41
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.remanei
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            4401
            235
            13840 2  
  
           
            84
            3742
            3866 0 
                 84 /
                 0
               
  
           
            145
            8341
            11477 0 
                 117 /
                 28
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
    
         
            
              C.briggsae
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            4222
            305
            13840 2  
  
           
            183
            3162
            3419 1 
                 5 /
                 178
               
  
           
            207
            3729
            11429 0 
                 194 /
                 13
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
               
           
   


    
  
  
    
         
            
              P.pacificus
         
             Score
             Start
             End
             Ns
             R/D
        
  
           
            191
            4963
            13593 0  
  
           
            103
            4241
            8388 1 
                 56 /
                 47
               
  
           
            128
            1133
            10819 0 
                 128 /
                 0
               
 
               
               
                 All Alignments
               
                 1^st
               
                 None
C.elegans unc-86 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)
Black capital letters represent bases in the C.elegans unc-86 locus reference sequence that are conserved in the C.brenneri and C.remanei orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
Nematode EvoPrinterHD - EvoPrint and EvoDifferences Profile

C.elegans unc-86 locus Genomic EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases in the C.elegans unc-86 locus reference sequence that are conserved in the C.brenneri and C.remanei orthologous DNAs. Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

unc-86 locus Genomic Evodifferences Profile - Relaxed EvoPrint (Back to Top)

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.brenneri or C.remanei.Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

Enhanced BLAT Score Card (Back to Top)

Nematode EvoPrinterHD - Generate EvoPrint and EvoDifferences Profile

Black capital letters represent bases in the C.elegans unc-86 locus reference sequence that are conserved in the C.brenneri and C.remanei orthologous DNAs.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.

Black capital letters represent bases conserved in all species and colored bases represent sequences present in all species except C.brenneri or C.remanei.

Reference genome repeat sequences: Blue underlining indicates single-copy repeats and Red underlining identifies multi-copy repeats.
